changed the reading of the variation file and the handling of its information so that it accepts cds in multiple parts

ajouté une fonction pour print les changements d'aa. ajouté le traitement des variations qui décalent le cadre de lecture.

changé la définition des données d'entrées, moins de ligne à modifier quand on change de génome cible

ajouté le fait que quand le codon start est muté, on ne traite pas le cds. on cherchera un autre codon start plus tard.

réuni les cas où la différence de taille et la position sont multiple de 3, réglé des problèmes de coordonnées

annulé le changement du calcul de la position de l'insertion sur le génome target, ça cassait trop de choses et selon l'interprétation c'est cohérent

remanié le cas variation dans un codon avec différence de taille multiple de 3. simplifié, réuni des cas, code plus court et plus lisible