corrigé la détection du codon en amont touché par l'indel pour les indel au milieu d'un codon

inference.py

@@ -71,7 +71,7 @@ def get_first_seg(list_seg,segments_on_target_genome):
     return first_seg_found
 
 def get_feature_path(paths,first_seg,last_seg):
-    # find the path in azucena. 
+    # find the path in the target genome
     first_strand=convert_strand(segments_on_target_genome[first_seg][3])
     first_seg_stranded=first_strand+first_seg
     last_strand=convert_strand(segments_on_target_genome[last_seg][3])
@@ -308,10 +308,9 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                 length_alt=len(var[10])
 
             if abs(length_alt-length_ref)%3 == 0: # taille diff 3k -> pas de frame shift.
-                print("pas de frame shift")
 
                 if pos_var%3==0: # position 3k
-                    print("variation entre deux codons")
+                    print("variation entre deux codons sans décalage du cadre de lecture")
 
                     if length_ref%3==0: # taille 3K -> pas d'impact sur l'aa en aval
                         deleted_aa=traduction(get_rna(var[9]))
@@ -353,28 +352,29 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                         print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
 
                 else: # position !=3k, taille diff 3k
-                    print("variation au milieu d'un codon uuu") 
+                    print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture") 
 
-                    # récupérer le codon dans lequel on a inséré, le prendre en compte pour calculer les effets
+                    # récupérer le début du codon dans lequel on a inséré, le prendre en compte pour calculer les effets
                     posVar_on_ref=int(var[12])
-                    reste_avant_len=(posVar_on_ref-1)%3
-                    fin_aa_avant=cds.sequence[posVar_on_ref-reste_avant_len-1:posVar_on_ref-1]
-                    print(fin_aa_avant)
-
-                    complete_avant_len=3-reste_avant_len
-                    if len(var[9]>=complete_avant_len):
-                        aa_modifie_avant=fin_aa_avant+var[9][0:complete_avant_len]
-                    # else il faut aller chercher dans le segment d'apres !! max un apres pcq min 1 base par segment (avant=1min, var=1min, apres=1min.)
+                    reste_aa_avant_len=(posVar_on_ref-1)%3
+                    debut_aa_avant=cds.sequence[posVar_on_ref-reste_aa_avant_len-1:posVar_on_ref-1]
+                    print(debut_aa_avant)
+
+                    fin_aa_avant_len=3-reste_aa_avant_len
+                    aa_modifie_origin=debut_aa_avant+var[9][0:fin_aa_avant_len]
+                    if len(aa_modifie_origin)<3: # on va chercher la base manquante apres la var
+                        aa_modifie_origin+=cds.sequence[posVar_on_ref-1+length_ref] 
                     
-                    if len(var[10])>=complete_avant_len:
-                        aa_modifie_apres=fin_aa_avant+var[10][0:complete_avant_len]
-                    print(aa_modifie_avant,aa_modifie_apres)
-                    # else il faut aller chercher dans le segment d'apres !! max un apres pcq min 1 base par segment (avant=1min, var=1min, apres=1min.)
+                    aa_modifie_target=debut_aa_avant+var[10][0:fin_aa_avant_len]
+                    if len(aa_modifie_target)<3: # on va chercher la base manquante apres la var dans la séquence target
+                        aa_modifie_target+=get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)[int(var[13])]
+
+                    print(aa_modifie_origin,aa_modifie_target)
 
 
                     # touche le codon d'avant
-                    # touche le codon d'apres ? pas si reste_avant_len + taille_var%3 =3
-                    if reste_avant_len+(length_ref%3)==3:
+                    # touche le codon d'apres ? pas si reste_aa_avant_len + taille_var%3 =3
+                    if reste_aa_avant_len+(length_ref%3)==3:
                         # modifie l'aa dans lequel on a inséré+délété, puis éventuellement insere ou delete
                         # ne modifie pas l'aa d'après.
                         a=1
@@ -384,7 +384,7 @@ for cds_id in cds_var.keys():
 
 
             else: # taille diff !=3k
-                print("frame shift")
+                print("décalage du cadre de lecture")
                 frame_shift=(frame_shift+abs(length_alt-length_ref))%3
                 
             # cas en plus : modif de la première base du codon et de la troisième : comment prendre en compte ces deux modif pour le changement de l'aa?