ajouté le fait que quand le codon start est muté, on ne traite pas le cds. on...

ajouté le fait que quand le codon start est muté, on ne traite pas le cds. on cherchera un autre codon start plus tard.

inference.py

@@ -381,15 +381,18 @@ for cds_id in cds_var.keys():
 
 
 
-            if posVar_on_ref<3:
-                print("codon start touché")
+            if posVar_on_ref<3: # pour l'instant on cherche pas d'autre start.
+                print("codon start touché donc gène non fonctionnel")
+                #findOtherStart(cds,segments_on_target_genome)
+                break
+
+
 
-                findOtherStart(cds,segments_on_target_genome)
 
             # si on a plusieurs start candidats il faut choisir celui qu'on prend, ils sont pas forcément tous sur le même cadre de lecture
             # comment traiter la variation sur le start ? 
             # après avoir détecté que la var touche le start, traiter la var ? ou l'inverse
 
 
-            print("\n")
+        print("\n")