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Commit 0200e5d1 authored by nina.marthe_ird.fr's avatar nina.marthe_ird.fr
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remanié le cas variation dans un codon avec différence de taille multiple de 3. simplifié, réuni des cas, code plus court et plus lisible
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......@@ -283,10 +283,13 @@ for feature in Features.values():
for cds_id in cds_var.keys():
cds=Features[cds_id]
print("analysing variations in cds",cds_id)
print("analyse des variations dans le cds",cds_id)
frame_shift=0
for var in cds_var[cds_id]:
type_var=var[8]
posVar_on_ref=int(var[12])-1
posVar_on_alt=int(var[13])-1
sequence_target=get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)
# frame var ? pos_var-1 %3
if type_var!="no_var": # if there is a variation
......@@ -294,7 +297,6 @@ for cds_id in cds_var.keys():
size_var=var[11].split("/")
else:
size_var=var[11]
pos_var=int(var[12])-1
# how to use size_var if it can be in two different formats (list or int) ?
print(var)
......@@ -309,8 +311,14 @@ for cds_id in cds_var.keys():
if abs(length_alt-length_ref)%3 == 0: # taille diff 3k -> pas de frame shift.
if pos_var%3==0: # position 3k
if (posVar_on_ref)%3==0: # position 3k
print("variation entre deux codons sans décalage du cadre de lecture")
if type_var=="insertion":
print(type_var,"de",var[10])
if type_var=="deletion":
print(type_var,"de",var[9])
else:
print(type_var,"de",var[9],"par",var[10])
if length_ref%3==0: # taille 3K -> pas d'impact sur l'aa en aval
deleted_aa=traduction(get_rna(var[9]))
......@@ -318,13 +326,13 @@ for cds_id in cds_var.keys():
if (length_ref!=0) & (length_alt!=0):
if deleted_aa!=inserted_aa:
print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
print("conséquence : changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
else:
print("mutation synonyme")
print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
elif length_alt!=0:
print("insertion de",",".join(inserted_aa))
print("conséquence : insertion de",",".join(inserted_aa))
else:
print("deletion de",",".join(deleted_aa))
print("conséquence : deletion de",",".join(deleted_aa))
else: # taille != 3k : impact sur l'aa d'après.
## on peut peut-être fusionner ces deux cas (if et else courants), mais il faudra modifier
......@@ -333,14 +341,13 @@ for cds_id in cds_var.keys():
taille_del_entiere=(length_ref//3)*3
taille_ins_entiere=(length_alt//3)*3
deleted_aa=traduction(get_rna(var[9][0:taille_del_entiere])) # le +3 ajoute l'aa suivant qui est modifié en partie
deleted_aa=traduction(get_rna(var[9][0:taille_del_entiere]))
inserted_aa=traduction(get_rna(var[10][0:taille_ins_entiere]))
# le +3 ne fonctionne pas. il faut aller chercher l'aa d'apres dans la séquence du cds.
# enlever le +3
# aller chercher l'emplacement de l'insertion, prendre les 3 bases après ?
posVar_on_ref=int(var[12])
reste_len=3-(length_alt%3)
reste_cds=cds.sequence[posVar_on_ref+length_ref-1:posVar_on_ref+length_ref+reste_len-1] # sequence sur le génome d'origine
len_fragment_after=3-(length_ref%3)
reste_cds=cds.sequence[posVar_on_ref+length_ref:posVar_on_ref+length_ref+len_fragment_after] # sequence sur le génome d'origine
# pour inserter_aa, il faudrait faire la meme chose mais avec la sequence target !
# get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)
reste_ins=var[10][-(length_alt%3):]
dernier_aa_ins=reste_ins+reste_cds
......@@ -353,54 +360,44 @@ for cds_id in cds_var.keys():
print(dernier_aa_del,"->",dernier_aa_ins) # à supprimer. seulement le dernier aa de la délétion et de l'insertion.
if deleted_aa!=inserted_aa:
print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
print("conséquence : changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
else:
print("mutation synonyme")
print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
else: # position !=3k, taille diff 3k
print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture")
# récupérer le début du codon dans lequel on a inséré, le prendre en compte pour calculer les effets
posVar_on_ref=int(var[12])
reste_aa_avant_len=(posVar_on_ref-1)%3
debut_aa_avant=cds.sequence[posVar_on_ref-reste_aa_avant_len-1:posVar_on_ref-1]
fin_aa_avant_len=3-reste_aa_avant_len
aa_modifie_origin=debut_aa_avant+var[9][0:fin_aa_avant_len]
if len(aa_modifie_origin)<3: # on va chercher la base manquante apres la var
aa_modifie_origin+=cds.sequence[posVar_on_ref-1+length_ref]
aa_modifie_target=debut_aa_avant+var[10][0:fin_aa_avant_len]
if len(aa_modifie_target)<3: # on va chercher la base manquante apres la var dans la séquence target
aa_modifie_target+=get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)[int(var[13])]
print(aa_modifie_origin,aa_modifie_target)
print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture")
if type_var=="insertion":
print(type_var,"de",var[10])
if type_var=="deletion":
print(type_var,"de",var[9])
else:
print(type_var,"de",var[9],"par",var[10])
len_fragment_before=(posVar_on_ref)%3
len_fragment_after=(3-(len_fragment_before+length_ref))%3
if reste_aa_avant_len+(length_ref%3)==3: # on ne modifie pas d'aa apres l'indel
# modifie l'aa dans lequel on a inséré+délété, puis éventuellement insere ou delete, mais ne modifie pas l'aa d'après.
deleted_aa=traduction(get_rna(aa_modifie_origin+var[9][fin_aa_avant_len:]))
inserted_aa=traduction(get_rna(aa_modifie_target+var[10][fin_aa_avant_len:]))
if deleted_aa!=inserted_aa:
print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
else:
print("mutation synonyme")
else: # il faut calculer l'aa modifé à la fin
print("aa apres modifie")
total_ins=sequence_target[posVar_on_alt-len_fragment_before:posVar_on_alt+length_alt+len_fragment_after]
total_del=cds.sequence[posVar_on_ref-len_fragment_before:posVar_on_ref+length_ref+len_fragment_after]
deleted_aa=traduction(get_rna(total_del))
inserted_aa=traduction(get_rna(total_ins))
if deleted_aa!=inserted_aa:
print("conséquence : changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
else:
print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
# possibilité que j'ai pris en compte une variation de plus, si on a un snp sur la premiere et la derniere base d'un codon :
# pour le traitement de la première j'ai également considéré la dernière !
else: # taille diff !=3k
print("décalage du cadre de lecture")
frame_shift=(frame_shift+abs(length_alt-length_ref))%3
# cas en plus : modif de la première base du codon et de la troisième : comment prendre en compte ces deux modif pour le changement de l'aa?
# idée : quand on est sur le premier (ou deuxième??), vérifier le reste du codon avant de regarder le changement d'aa
if pos_var<3:
if posVar_on_ref<3:
print("codon start touché")
findOtherStart(cds,segments_on_target_genome)
......
0% or .
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