commencé les variations qui décalent le cadre de lecture

inference.py

@@ -331,7 +331,7 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                         print("conséquence : deletion de",",".join(deleted_aa))
 
 
-                else: # position !=3k, taille diff 3k
+                else: # taille diff 3k, position !=3k
                     print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture")
                     if type_var=="insertion":
                         print(type_var,"de",var[10])
@@ -358,10 +358,27 @@ for cds_id in cds_var.keys():
 
 
             else: # taille diff !=3k
-                print("décalage du cadre de lecture")
-                frame_shift=(frame_shift+abs(length_alt-length_ref))%3
+                print("changement du cadre de lecture")
+                old_frameshift=frame_shift
+                frame_shift=(frame_shift+length_ref-length_alt)%3
+                # frameshift=0 -> cadre de lecture rétabli. peut nécessiter d'aller chercher une base en amont.
+                # frameshift=1 -> cadre de lecture décalé de 1 base vers la droite
+                # frameshift=2 -> cadre de lecture décalé de 2 bases vers la droite
+                if old_frameshift==0:
+                    print("perte du cadre de lecture originel")
+                elif frame_shift==0:
+                    print("rétablissement du cadre de lecture originel")
                 
-            
+
+                if type_var=="insertion":
+                    print(type_var,"de",var[10])
+                elif type_var=="deletion":
+                    print(type_var,"de",var[9])
+                else:
+                    print(type_var,"de",var[9],"par",var[10])
+
+                print(frame_shift)
+
 
 
             if posVar_on_ref<3: