Commits · 52af6490d98a15d0d9fec86808ed2a0228062a86 · DIADE / dynadiv / GrAnnoT · GitLab

Mar 13, 2024
- changed the or/and in conditions from &/| to and/or · 41b4e803
  nina.marthe_ird.fr authored Mar 13, 2024
  
  41b4e803
Mar 12, 2024
- moved a function from Functions.py to inference.py · 5987c4ec
  nina.marthe_ird.fr authored Mar 12, 2024
  
  5987c4ec
Jan 26, 2024
- attempts at fixing the inference · 50e418ae
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 26, 2024
  
  50e418ae
Jan 25, 2024
- simplified how i get the sequence until the next variation in the next cds · 89f8a89f
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 25, 2024
  
  89f8a89f
Jan 22, 2024
- reorganized the code to make it simpler · da037c24
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 22, 2024
  
  da037c24
Jan 18, 2024
- simplified the code for inference, made a function for it, attempted to handle multi exonic genes · e243b920
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 18, 2024
  
  e243b920
Jan 12, 2024
- the prediction can now give the effect of a frameshift mutation until the next... · 3b61d864
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 12, 2024
  3b61d864
Jan 11, 2024
- adapted the code to the change in the coordinate system · 70b6f4be
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 11, 2024
  
  70b6f4be
Jan 09, 2024
- deleted the prints for debug · 1ad1a7d9
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 9, 2024
  
  1ad1a7d9
- tried to adapt the code to use several cds. detected a problem in the... · 040a09c5
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 9, 2024
  040a09c5
- modified output form · 18259c64
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 9, 2024
  
  18259c64
Jan 04, 2024
- changed the reading of the variation file and the handling of its information... · af142979
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 4, 2024
  af142979
- corrected the detection of variation in the start codon · ffcffcfc
  nina.marthe_ird.fr authored Jan 4, 2024
  
  ffcffcfc
Dec 07, 2023
- corrected the inference when there is a frameshift. it simplfied the algorithm (less conditions) · 2dff4cf5
  nina.marthe_ird.fr authored Dec 7, 2023
  
  2dff4cf5
- corrected variation index output · 13c4e598
  nina.marthe_ird.fr authored Dec 7, 2023
  
  13c4e598
Dec 05, 2023
- fixed the output form · ed61eddf
  nina.marthe_ird.fr authored Dec 5, 2023
  
  ed61eddf
Dec 04, 2023
- modified the output of the variations affecting the start codon · f900c6e4
  nina.marthe_ird.fr authored Dec 4, 2023
  
  f900c6e4
- added comments and translated the comments and the output · 35e00a52
  nina.marthe_ird.fr authored Dec 4, 2023
  
  35e00a52
Nov 10, 2023
- ajouté la détection des codons stop · e0729de8
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 10, 2023
  
  e0729de8
Nov 07, 2023
- ajouté une fonction pour print les changements d'aa. ajouté le traitement des... · a545e4ba
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 7, 2023
  a545e4ba
- changé la définition des données d'entrées, moins de ligne à modifier quand on... · fc2f9633
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 7, 2023
  fc2f9633
- corrigé la gestion des position des variations · 352a4b24
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 7, 2023
  
  352a4b24
- modifié la gestion des positions des variations · 266289f3
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 7, 2023
  
  266289f3
- ajouté le fait que quand le codon start est muté, on ne traite pas le cds. on... · d5e508ab
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 7, 2023
  d5e508ab
Nov 06, 2023
- commencé les variations qui décalent le cadre de lecture · ef565b28
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 6, 2023
  
  ef565b28
- supprimé du vieux code inutilisé · 3998c84f
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 6, 2023
  
  3998c84f
Nov 03, 2023
- réuni les cas où la différence de taille et la position sont multiple de 3,... · 1f3fd17b
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 3, 2023
  1f3fd17b
- remanié le cas variation dans un codon avec différence de taille multiple de... · 0200e5d1
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 3, 2023
  0200e5d1
- traité le cas : position!=3k, tailleDiff=3k, aa d'apres pas modifié · 77dbfb4e
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 3, 2023
  
  77dbfb4e
- corrigé la détection du codon en amont touché par l'indel pour les indel au milieu d'un codon · 2e40748e
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 3, 2023
  
  2e40748e
- ajouté le traitement des variations au milieu d'un codon et de différence de taille multiple de 3 · b5415f39
  nina.marthe_ird.fr authored Nov 3, 2023
  
  b5415f39
Oct 31, 2023
- continué le traitement des variations · b8937efc
  nina.marthe_ird.fr authored Oct 31, 2023
  
  b8937efc
Oct 26, 2023
- commencé à traité les variations sur le codon start · 05f58532
  nina.marthe_ird.fr authored Oct 26, 2023
  
  05f58532
Oct 24, 2023
- tests pour l'inférence des effets des variations. commencé à traiter les indel... · 85be249a
  nina.marthe_ird.fr authored Oct 24, 2023
  85be249a