traité le cas : position!=3k, tailleDiff=3k, aa d'apres pas modifié

inference.py

@@ -317,7 +317,10 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                         inserted_aa=traduction(get_rna(var[10]))
 
                         if (length_ref!=0) & (length_alt!=0):
-                            print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
+                            if deleted_aa!=inserted_aa:
+                                print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
+                            else:
+                                print("mutation synonyme")
                         elif length_alt!=0:
                             print("insertion de",",".join(inserted_aa))
                         else:
@@ -349,7 +352,10 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                         inserted_aa.append(traduction(get_rna(dernier_aa_ins))[0])
                         
                         print(dernier_aa_del,"->",dernier_aa_ins) # à supprimer. seulement le dernier aa de la délétion et de l'insertion. 
-                        print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
+                        if deleted_aa!=inserted_aa:
+                            print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
+                        else:
+                            print("mutation synonyme")
 
                 else: # position !=3k, taille diff 3k
                     print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture") 
@@ -358,9 +364,8 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                     posVar_on_ref=int(var[12])
                     reste_aa_avant_len=(posVar_on_ref-1)%3
                     debut_aa_avant=cds.sequence[posVar_on_ref-reste_aa_avant_len-1:posVar_on_ref-1]
-                    print(debut_aa_avant)
-
                     fin_aa_avant_len=3-reste_aa_avant_len
+
                     aa_modifie_origin=debut_aa_avant+var[9][0:fin_aa_avant_len]
                     if len(aa_modifie_origin)<3: # on va chercher la base manquante apres la var
                         aa_modifie_origin+=cds.sequence[posVar_on_ref-1+length_ref] 
@@ -372,12 +377,16 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                     print(aa_modifie_origin,aa_modifie_target)
 
 
-                    # touche le codon d'avant
-                    # touche le codon d'apres ? pas si reste_aa_avant_len + taille_var%3 =3
-                    if reste_aa_avant_len+(length_ref%3)==3:
-                        # modifie l'aa dans lequel on a inséré+délété, puis éventuellement insere ou delete
-                        # ne modifie pas l'aa d'après.
-                        a=1
+                    if reste_aa_avant_len+(length_ref%3)==3: # on ne modifie pas d'aa apres l'indel
+                        # modifie l'aa dans lequel on a inséré+délété, puis éventuellement insere ou delete, mais ne modifie pas l'aa d'après.
+                        deleted_aa=traduction(get_rna(aa_modifie_origin+var[9][fin_aa_avant_len:]))
+                        inserted_aa=traduction(get_rna(aa_modifie_target+var[10][fin_aa_avant_len:]))
+                        if deleted_aa!=inserted_aa:
+                            print("changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
+                        else:
+                            print("mutation synonyme")
+                    else: # il faut calculer l'aa modifé à la fin
+                        print("aa apres modifie")