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Commit a70ef422 authored by Yves Gouriou's avatar Yves Gouriou
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Ajout des fonctions de lecture des fichiers LABVIEW

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tsg_io/private/GPStodegdec.m 0 → 100644
+ 63
− 0
View file @ a70ef422
function OutData = GPStodegdec( InData )
%
% Cette fonction permet de convertir des mesures GPS
% au format 2513.34N en degre decimal.
% InData = {'2513.34N', '15', '4534.56S'};
% Dans cette premiere partie j'extraie du format GPS
% les degre, les minutes et l'hemisphere.
% Look ahead from current position and test if is found.
% L'option ONCE ne conserve qu'une occurence. Au lieu de
% creer des cellules de cellules. On ne cree qu'une cellule
% de string. Plus facile a gerer.
% --------------------------------------------------------
[v1 v2 v3 deg v5 v6] = regexp(InData, '\w*(?=)', 'once');
% Look ahead from current position and test if . is found.
% --------------------------------------------------------
[v1 v2 v3 min v5 v6] = regexp(InData, '(?<=)\d*', 'once');
% Look ahead from current position and test if numbers are found
% --------------------------------------------------------
[v1 v2 v3 sec v5 v6] = regexp(InData, '(?<=\.)\d*', 'once');
% Find any alphabetic character
% -----------------------------
[v1 v2 v3 NSEW v5 v6] = regexp(InData, '[A-Z]', 'once');
% Remplir les cellules vides par des NaN
% --------------------------------------
IsEmpty = find( strcmp( deg, '') == 1 );
deg(IsEmpty, 1) = {'NaN'};
min(IsEmpty, 1) = {'NaN'};
sec(IsEmpty, 1) = {'NaN'};
NSEW(IsEmpty, 1) = {'NaN'};
% noNaN = find( strcmp( deg, 'NaN') == 0 );
[m n] = size(deg);
degre = NaN*ones(m,n);
minute = NaN*ones(m,n);
seconde = NaN*ones(m,n);
% Conversion en numerique et en degre decimal
% -------------------------------------------
degre = str2num( char( deg ));
minute = str2num( char( min )) / 60;
seconde = str2num( char( sec ))* .6 / 3600;
OutData = degre + minute + seconde;
% Determination du signe
% ----------------------
IsNegative = find(strcmp(NSEW, 'S') == 1);
if ~isempty( IsNegative )
OutData( IsNegative ) = -OutData( IsNegative );
end
IsNegative = find(strcmp(NSEW, 'W') == 1);
if ~isempty( IsNegative )
OutData( IsNegative ) = -OutData( IsNegative );
end
tsg_io/private/choixparametres.m 0 → 100644
+ 204
− 0
View file @ a70ef422
function [choix, ColNo, paraName, nPara] = choixparametres( fid, DELIMITER )
%
% Cette fonction permet a l'utilisateur de choisir les parametres presents
% dans le fichier et qui seront utilises par le programme.
% Le choix se fait sur les parametres suivants :
% date, heure, lat, lon
% La fonction retournera systematiquement les parametres suivants
% cond, hcond, sog, cog
%
% [ColNo, nPara] = choixparametres( fid, DELIMITER );
%
% Input
% fid ........... Numero logique du fichier a decoder
% DELIMITER ..... caractere separant chaque parametre a decoder sur
% une ligne
%
% output
% choix ......... String 'yes' ou 'cancel' qui indique si le programme
% doit s'arreter
% ColNo ......... Structure donnant pour chaque parametre le numero de
% la colonne a lire
% paraName ...... Intitule des parametres de la ligne d'entete
% nPara ......... Nombre de parametre total present dans le fichier
%
% ------------------------------------------------------------------------
% Initialisation des indices de colonne que l'on conserve systematiquement
% -------------------------------------------------------------------------
dateNo = 0; timeNo = 0; tempNo = 0; salNo = 0; condNo = 0; rawNo = 0;
latNo = 0; lonNo = 0; sogNo = 0; cogNo = 0;
% Lecture de la 1ere ligne
%
% ATTENTION : Je considere que cette ligne est la ligne d'entete
% IL FAUDRAIT FAIRE UN TEST POUR VERIFIER QUE C'EST BIEN UNE LIGNE
% D'ENTETE
% --------------------------------------------------------------
firstLine = fgets( fid );
% Decode la ligne d'entete et place l'intitule de chaque colonne
% dans une variable de type 'cell' : paraName avec nPara elements
% -------------------------------------------------------------------
[paraName, nPara] = decodestr( firstLine, DELIMITER );
% Convertit les intitules de chaque colonne en caracteres minuscules
% ------------------------------------------------------------------
paraName = lower(paraName);
% Vector of indices of the list box items that are initially selected.
% --------------------------------------------------------------------
ind = 0;
for ipar = 1 : nPara
header = char( paraName(1, ipar) );
if ~isempty(strfind( header, 'date')) && dateNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
dateNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'time')) && timeNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
timeNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'temp')) && tempNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
tempNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'sal')) && salNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
salNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'cond')) && condNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
condNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'raw')) && rawNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
rawNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'lat')) && latNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
latNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'lon')) && lonNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
lonNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'sog')) && sogNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
sogNo = ipar;
elseif ~isempty(strfind( header, 'cog')) && cogNo == 0
ind = ind + 1;
defAnsB(ind) = ipar;
cogNo = ipar;
end
end
% Tant que 'choix' est egal à 'yes' on propose a l'utilisateur
% de faire le choix des entetes. Si le choix est fait, 'choix' est
% positionne a 'ok'
% ------------------------------------------------------------
choix = 'yes';
while strcmp( choix, 'yes' )
% Affichage d'une 'boite a liste' pour le choix des parametres
% ------------------------------------------------------------
[colParaNo, okCol] = listdlg('PromptString', 'Choix des paramètres',...
'ListString', paraName, 'InitialValue', defAnsB);
if okCol == 1
% Le choix s'est bien passe
% -------------------------
choix = 'ok';
% Initialisation de la structure indiquant le numero de colonnes des parametres
% presents dans le fichier intial et qui seront utilises dans TSG-QC
% --------------------------------------------------------------
ColNo = struct( 'Date', 0, 'Time', 0, 'Lat', 0, 'Lon', 0, 'Temp', 0,...
'Sal', 0, 'Cond', 0, 'Raw', 0, 'Sog', 0, 'Cog', 0);
% Boucle sur les numeros de colonnes des parametres qui seront conserves
% ----------------------------------------------------------------------
if ~isempty(okCol)
for icol = 1 : length(colParaNo)
% Le programme conserve systematiquement la conductivite et les valeurs brutes
% -----------------------------------------------------------------------------
if rawNo ~= 0
i = find( colParaNo == rawNo );
if isempty(i)
colParaNo = [colParaNo rawNo];
end
end
if condNo ~= 0
i = find( colParaNo == condNo );
if isempty(i)
colParaNo = [colParaNo condNo];
end
end
% Convertion en caracteres
% ------------------------
header = char( paraName(1, colParaNo(icol)) );
% Place les numeros des colonnes dans la structure
% ------------------------------------------------
if strfind( header, 'date') ~= 0
ColNo.Date = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'time') ~= 0
ColNo.Time = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'lat') ~= 0
ColNo.Lat = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'lon') ~= 0
ColNo.Lon = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'temp') ~= 0
ColNo.Temp = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'sal') ~= 0
ColNo.Sal = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'cond') ~= 0
ColNo.Cond = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'raw') ~= 0
ColNo.Raw = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'sog') ~= 0
ColNo.Sog = colParaNo(icol);
elseif strfind( header, 'cog') ~= 0
ColNo.Cog = colParaNo(icol);
end
end
% ******************
clear defAnsB
defAnsB = colParaNo;
clear colParaNo
% ******************
end
% Gestion d'erreur
% ----------------
if ColNo.Date == 0
choix = questdlg('Vous devez choisir une Date !!!',...
'Aucune date choisie', 'yes', 'cancel', 'yes');
elseif ColNo.Time == 0
choix = questdlg('Vous devez choisir une Heure !!!',...
'Aucune heure choisie', 'yes', 'cancel', 'yes');
elseif ColNo.Lat == 0
choix = questdlg('Vous devez choisir une Latitude !!!',...
'Aucune latitude choisie', 'yes', 'cancel', 'yes');
elseif ColNo.Lon == 0
choix = questdlg('Vous devez choisir une Longitude !!!',...
'Aucune longitude choisie', 'yes', 'cancel', 'yes');
end
else
% On annulle le choix des parametres. Le programme se termine
% -----------------------------------------------------------
choix = 'cancel';
end % fin de test if okCol == 1
end % Fin de boucle While
% Revient en debut de fichier
% ---------------------------
frewind(fid);
\ No newline at end of file
tsg_io/private/decodeficlabview.m 0 → 100644
+ 144
− 0
View file @ a70ef422
function [date, time, lat, lon, sst, sss, cond, condRaw, sog, cog] =...
decodeficlabview( fid, DELIMITER, ColNo, paraName, nPara )
%
% Fonction qui permet de lire les fichiers au format LabView
% La fonction :
% - lit les lignes incompletes
% - elimine les lignes d'entetes qui peuvent se trouver a differents
% endroits du fichier
%
% ATTENTION : Je fais l'hypothese que la premiere ligne du fichier
% est une ligne d'entete
%
% input
% fid ........... Numero logique du fichier a decoder
% DELIMITER ..... caractere separant chaque parametre a decoder sur
% une ligne
% nPara ......... Nombre de parametre total present dans le fichier
%
% output
% date .......... Dates - Cellule
% time .......... Heure - Cellule
% lat .......... Latitude - Tableau de double
% lon .......... Longitude - Tableau de double
% sst .......... Temperature - Tableau de double
% sss .......... Salinite - Tableau de double
% cond .......... Conductivite - Tableau de double
% condRaw ....... Conductivite brute - tableau de chaine de caracteres
% sog .......... Vitesse du navire - Tableau de double
% cog .......... Cap du navire - Tableau de double
%
% Mofication
% 23/01/2006 Initialisation de condRaw modifié
% Avant condRaw = NaN*ones(nblig, 1);
% Maintenant condRaw = char(blanks(1)*ones(nblig,1));
%
% -------------------------------------------------------------------
% Le nombre d'elements de l'entete determine le nombre de chaine a lire.
% Je cree ici la chaine de caractere decrivant le format utilise par
% textscan
% --------------------------------------------------------------
format = [];
for i = 1:nPara
format = [format ' %s'];
end
% textscan permet de lire a peu pres tout, memes les lignes
% incompletes, plus courtes.
% Par contre les données lues sont enregistrees dans une
% Cellule de cellule
% ATTENTION :
% dans le cas de lignes incompletes textscan n'utilise pas
% enptyValue mais une chaine de caracteres vide
% -----------------------------------------------------------
data = textscan(fid, format, 'delimiter', DELIMITER, 'emptyValue', NaN);
% Remplace les chaines de caracteres vides par des NaN
% ----------------------------------------------------
for icell = 1:length( data )
vide = find( strcmp( data{icell}, '' ) == 1);
for j = 1 : length(vide)
data{icell}{vide(j)} = 'NaN';
end
end
% Selectionne les numeros des lignes qui ne sont pas des entetes
% ATTENTION
% Je fais l'hypothese que la premiere ligne du fichier est une ligne
% d'entete
% ------------------------------------------------------------------
date = char( data{ColNo.Date} );
ient = strcmp( data{1}, data{1}{1} );
ient = find(ient == 0);
% Initialisation
% --------------
nblig = length(ient);
date = cell(nblig, 1);
time = cell(nblig, 1);
lat = NaN*ones(nblig, 1);
lon = NaN*ones(nblig, 1);
sst = NaN*ones(nblig, 1);
sss = NaN*ones(nblig, 1);
cond = NaN*ones(nblig, 1);
condRaw = char(blanks(1)*ones(nblig,1));
sog = NaN*ones(nblig, 1);
cog = NaN*ones(nblig, 1);
% Selection des parametres utiles au programme et conversion
% La date et l'heure sont stockes dans des cellules
% ----------------------------------------------------------
if ColNo.Date ~= 0
A = data(ColNo.Date);
B = char( A{1}(ient) );
date = cellstr( B );
end
if ColNo.Time ~= 0
A = data(ColNo.Time);
B = char( A{1}(ient) );
time = cellstr( B );
end
if ColNo.Lat ~=0
% Test si latitude en degre decimal ou degre minute
% --------------------------------------------------
lat = str2num( char(data{ColNo.Lat}{ient}) );
% lat est vide si les latitudes sont en degres minutes.
% Conversion en degre decimal
% -----------------------------------------------------
if isempty(lat)
lat = GPStodegdec( cellstr(char(data{ColNo.Lat}{ient})) );
end
end
if ColNo.Lon ~= 0
lon = str2num( char(data{ColNo.Lon}{ient}) );
% lon est vide si les latitudes sont en degres minutes.
% Conversion en degre decimal
% -----------------------------------------------------
if isempty(lon)
lon = GPStodegdec( cellstr(char(data{ColNo.Lon}{ient})) );
end
end
if ColNo.Temp ~= 0
sst = str2num( char(data{ColNo.Temp}{ient}) );
end
if ColNo.Sal ~= 0
sss = str2num( char(data{ColNo.Sal}{ient}) );
end
if ColNo.Cond ~= 0
cond = str2num( char(data{ColNo.Cond}{ient}) );
end
if ColNo.Raw ~= 0
condRaw = char( data{ColNo.Raw}{ient} );
end
if ColNo.Sog ~= 0
sog = str2num( char(data{ColNo.Sog}{ient}) );
end
if ColNo.Cog ~= 0
cog = str2num( char(data{ColNo.Cog}{ient}) );
end
\ No newline at end of file
tsg_io/private/decodestr.m 0 → 100644
+ 55
− 0
View file @ a70ef422
function [token, nToken] = DecodeStr( string, DELIMITER )
%
% Retourne les éléments d'une chaine de caractères séparés par
% un delimiteur (virgule, point-virgule, etc.)
%
% [Token, nToken] = LecSadcpQuart( String, Delimiter )
%
% Input:
% string ...... Chaine de caractères à décimer
% DELIMITEUR ... Caractère séparant les différents élèments
% de la chaine de caractères
%
% Output:
% nToken ...... Nombre d'élèments distincts, séparés par 'Delimiter'
% dans la chaine de caractères 'String'
% token ....... Cellule de dimension (nToken, 1) contenant les
% différents éllèments de la chaine de caractère
%
% 5 janvier 2007
%
% Modifications
% ----------------------------------------------------------------------
% Initialisation de la Cellule
% ----------------------------
token = cell(1,1);
% Decode le 1er élèment de la chaine de caractère
% Celui-ci est renvoye dans la chaine de caracteres 'Str'
% tandis que le reste de la chaine est renvoye dans 'Remain'
% ----------------------------------------------------------
[str, remain] = strtok( string, DELIMITER);
% Boucle sur l'ensemble de la chaine jusqu'a ce que Str soit vide
% ---------------------------------------------------------------
nToken = 0;
while strcmp( str, '' ) ~= 1
% Incremente le compteur d'elements lus
% -------------------------------------
nToken = nToken + 1;
% Stocke les elements lus dans une Cellule
% ----------------------------------------
token(1, nToken) = cellstr(str);
% Decode chaque element de la chaine de caractere
% -----------------------------------------------
[str, remain] = strtok( remain, DELIMITER);
end
% Enleve les caracteres blanc de debut et de fin de chaque element
% ----------------------------------------------------------------
token = strtrim(token);
\ No newline at end of file
tsg_io/readTsgDataLabview.m 0 → 100644
+ 146
− 0
View file @ a70ef422
function [error] = readTsgDataLabview( hTsgGUI, filename )
%
% Fonction de lecture des fichiers TSG issus du programme
% d'acquisition LabView XXX
%
% [error] = rdtsglabview( Fichier )
%
% Input
% hTsgGUI ............ Handel to the main user interface
% filename ........... Data filename
%
% Output
% error .............. 1: OK - -1 : an error occured
%
% Liste des intitules des colonnes dans les entetes des fichiers Labview :
% Date
% Pc Date - RMC_Date - ZDA_Date
% Heure
% Pc Time - RMC_Time - ZDA_Time - GLL_Time
% Position
% RMC_Latmn - RMC_Lonmn - RMC_Latdec - RMC_Londec -
% GGA_Latdec - GGA_Londec - GLL_Latdec - GLL_Londec
% Mesures
% SBE21_Temp1 - SBE21_Sal - SBE21_Cond - SBE21_Raw
% Vitesse et cap
% RMC_Sog - RMC_Cog - 3026L_Cog - 3026L_Sog
% Autre
% RMC_Status - GGA_Hog - VTG True Track - T - Magn Track - M -
% Ground spd- N - Ground Spd - K - dd - tete - ttt
% Get the data from the application GUI
% -------------------------------------
tsg = getappdata( hTsgGUI, 'tsg_data');
% Display read file info on console
% ---------------------------------
fprintf('\nREAD_LABVIEW_FILE\n'); tic;
% Chaque colonne du fichier est separee par DELIMITER
% ---------------------------------------------------
DELIMITER = ',';
% Ouverture du fichier '.CSV'
% ---------------------------
fid = fopen( filename, 'r');
% Teste si le fichier existe
% --------------------------
if fid ~= -1
% Choix des parametres qui seront utilises par TSG-QC
% ColNo : structure des numeros de colonnes a conserver
% ---------------------------------------------------
[choix, ColNo, paraName, nPara] = choixparametres( fid, DELIMITER );
if strcmp( choix, 'ok' ) == 1
% Lecture et decodage du fichier TSG LabView. En sortie
% ------------------------------------------
[date, time, lat, lon, sst, sss, cond, condRaw, sog, cog] =...
decodeficlabview( fid, DELIMITER, ColNo, paraName, nPara );
% Nombre de lignes du fichier et allocation de memoire
% ----------------------------------------------------
nblig = length(sst);
% Indice des lignes pour lesquelles les dates
% ou les heures ne sont pas a NaN
% -------------------------------------------
noNaN = find( strcmp( date, 'NaN') == 0 & strcmp( time, 'NaN') == 0 );
% Every variable are put in a structure
% -------------------------------------
blanc = char(blanks(1)*ones(nblig,1));
tsg.DAYD = NaN*ones(nblig,1);
tsg.DAYD(noNaN) = datenum(...
[char(date(noNaN)) blanc(noNaN) char(time(noNaN))],...
'dd/mm/yyyy HH:MM:SS');
% save original date
% ------------------
tsg.DATE = datestr( tsg.DAYD, 'yyyymmddHHMMSS' );
tsg.LATX = lat;
tsg.LONX = lon;
tsg.SSJT = sst;
tsg.SSPS = sss;
% Remplacer la valeur par tsg.qc.code.NOCONTROL
tsg.SSPS_QC = ones(nblig,1);
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%tsg.SSPS_ADJ = tsgData(:,12);
%tsg.SSPS_ERR = tsgData(:,13);
tsg.SPDC = sog;
% Compute ship velocity from positions if sog not available
% ---------------------------------------------------------
if isempty(tsg.SPDC)
range = m_lldist(tsg.LONX,tsg.LATX);
ind = size(tsg.DAYD);
tsg.SPDC = zeros(size(ind));
for i=1:length(tsg.DAYD)-1
tsg.SPDC(i) = range(i) / ((tsg.DAYD(i+1)-tsg.DAYD(i)) * 24 * 1.854);
end
tsg.SPDC = [tsg.SPDC';0];
end
% populate tsg.file structure
% ---------------------------
tsg.file.name = filename;
tsg.file.type = 'ASCII';
% Save the data in the application GUI
% ------------------------------------
setappdata( hTsgGUI, 'tsg_data', tsg );
% Clear the Workspace
% -------------------
clear date time lat lon sst sss cond condRaw sog cog
end % fin de boucle if strcmp(choix,'yes')
% Fermeture du fichier
% --------------------
fclose( fid );
% Display time to read file on console
% ------------------------------------
t = toc; fprintf('...done (%6.2f sec).\n\n',t);
error = 1;
else
% Gestion d'erreur ouverture de fichier
% -------------------------------------
msg_error = ['TSG_LABVIEW file_lecture : Open file error : ' filename];
warndlg( msg_error, 'LabView error dialog');
sprintf('...cannot locate %s\n', filename);
error = -1;
return;
end
tsgqc_GUI.m
+ 3
− 1
View file @ a70ef422
...@@ -448,7 +448,7 @@ tsg_initialisation(hMainFig, hQcCmenu) ...@@ -448,7 +448,7 @@ tsg_initialisation(hMainFig, hQcCmenu)
% This has to be made general for UNIX and WINDOWS system % This has to be made general for UNIX and WINDOWS system
% --------------------------------------------------------- % ---------------------------------------------------------
[fileName, pathname, filterIndex] = uigetfile( ... [fileName, pathname, filterIndex] = uigetfile( ...
{'*.txt';'*.xml';'*.nc';'*.btl'}, 'Pick a file'); {'*.txt';'*.xml';'*.nc';'*.lbv';'*.btl'}, 'Pick a file');
error1 = -1; error1 = -1;
error2 = -1; error2 = -1;
...@@ -470,6 +470,8 @@ tsg_initialisation(hMainFig, hQcCmenu) ...@@ -470,6 +470,8 @@ tsg_initialisation(hMainFig, hQcCmenu)
error2 = error1; error2 = error1;
end end
case 4 case 4
error1 = readTsgDataLabview( hMainFig, fileName );
case 5
error2 = readBucketData(hMainFig, fileName ); error2 = readBucketData(hMainFig, fileName );
otherwise otherwise
return; return;
......
0% or .
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