Modification de la fonction d'étalonnage. Tous les cas

n'étaient pas pris en compte

INSTALL

@@ -7,9 +7,20 @@ Installation:
   - Installer la toolbox m_map (>= 1.4) sous Matlab
     voir: http://www2.ocgy.ubc.ca/~rich/map.html
 
-  - Installer la toolbox mexnc (NetCDF) sous Matlab depuis:
+  - Installer la toolbox mexnc sous Matlab depuis:
     http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
     voir lien galement sous http://www.ird.fr/us191/spip.php?article18
+ 
+ - Installer la toolbox NetCDF sous Matlab depuis:
+    http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
+    voir lien galement sous http://www.ird.fr/us191/spip.php?article18#
+	
+Modifier la documentation sous SPIP (bien hirarchiser) :
+Installation MEXNC
+	Sous Windows
+	Sous Linux
+Installation NETCDF
+
 
   - Copier les 3 fichiers de climato de surface Levitus dans un de vos 
     rpertoires Matlab accessible via matlabpath sous:
@@ -20,6 +31,8 @@ Installation:
 
   - Ne pas oublier de modifier votre path Matlab sous Windows ou la variable
     MATLABPATH sous Linux afin que ces toolbox soient utilisables.
+	
+Dcrire le cheminement des paths et des variables d'environnements (Systme ou Matlab)
 
   Configuration:
   -------------

tsg_util/calibration.m

@@ -22,8 +22,15 @@ for i = 1:3
 
     para1 = [PARA(i,:) '_LINCOEF'];
     para2 = [PARA(i,:) '_CAL'];
-
-    tsg.(para2)= tsg.(para1)(1) * tsg.(PARA(i,:)) + tsg.(para1)(2);
+    
+    % If the Slope = 1 and the offset = 0 : No calibration
+    % The variable _CAL must be emptied
+    % ---------------------------------------------------------------------
+    if abs(1-tsg.(para1)(1)) > .00000001 || abs(0-tsg.(para1)(2)) > .00000001
+      tsg.(para2) = tsg.(para1)(1) * tsg.(PARA(i,:)) + tsg.(para1)(2);
+    else
+      tsg.(para2) = [];
+    end
 
   elseif strcmp( PARA(i,:), 'CNDC' ) || strcmp( PARA(i,:), 'SSJT' )
 
@@ -36,8 +43,43 @@ end
 
 % Compute salinity - Use CSIRO functions
 % --------------------------------------
-tsg.SSPS_CAL = sw_salt( ...
-  tsg.CNDC_CAL/sw_c3515(), t90TOt68(tsg.SSJT_CAL), zeros(size(tsg.CNDC_CAL)));
+
+% Test if Conductivity or temperature has been calibrated
+% -------------------------------------------------------
+indC = find( isnan( tsg.CNDC_CAL ) == 0 );
+indT = find( isnan( tsg.SSJT_CAL ) == 0 );
+if ~isempty( indC ) || ~isempty( indT ) 
+
+  % If SSJT has not been calibrated used SSJT and not SSJT_CAL to compute
+  % SSPS_CAL
+  % ---------------------------------------------------------------------
+  temp = tsg.SSJT_CAL;
+  ind = find( isnan( temp ) == 0 );
+  if isempty(ind)
+    temp = tsg.SSJT;
+  end
+
+  % If CNDC has not been calibrated used CNDC and not CNDC_CAL to compute
+  % SSPS_CAL
+  % ---------------------------------------------------------------------
+  cond = tsg.CNDC_CAL;
+  ind = find( isnan( temp ) == 0 );
+  if isempty(ind)
+    cond = tsg.CNDC;
+  end
+  
+  if ~isempty( temp ) && ~isempty( cond )
+    tsg.SSPS_CAL = sw_salt( ...
+      tsg.CNDC_CAL/sw_c3515(), t90TOt68(temp), zeros(size(tsg.CNDC_CAL)));
+  end
+
+else
+  
+  % If CNDC_CAL is empty SSPS_CAL must be also empty
+  % ------------------------------------------------
+  tsg.SSPS_CAL = [];
+  
+end
 
 % Save tsg application data
 % --------------------------