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documentations/en/pages/configurations.md

 # **Configuration**
 
 !!! tip
-   You can edit default settings in **config.yaml** file into **./config/** directory.
+    You can edit default settings in **config.yaml** file into **./config/** directory.
 
 
 ## **Resources**
@@ -97,4 +97,4 @@ Edit to match your hardware configuration
 - **yaml***: conda environments paths/names/version (default: workflow/environments/{tools}\_v.{version}.yaml)
 
 !!! note
-   Edit only if you want to change some environments (e.g. test a new version or back to an older version)
+    Edit only if you want to change some environments (e.g. test a new version or back to an older version)

documentations/en/pages/installations.md

@@ -73,6 +73,9 @@ You can **download** GeVarLi as zip file from the git repository: [IRD-Forge / G
      
      # Rename
      mv ~/GeVarLi-main/ ~/GeVarLi/
+	 
+	 # Move
+	 cd ~/GeVarLi/
 ```
 
 !!! tip
@@ -84,6 +87,6 @@ You can **download** GeVarLi as zip file from the git repository: [IRD-Forge / G
     git clone --depth 1 https://forge.ird.fr/transvihmi/nfernandez/GeVarLi.git ~/GeVarLi/
     cd ~/GeVarLi/
     
-    # Update/Pull (given you are into GeVarLi/ repository)
+    # Update using 'git pull' (given you are into GeVarLi/ repository)
     git reset --hard HEAD && git pull --depth 1 --verbose
     ```

documentations/en/pages/usage.md

@@ -14,10 +14,11 @@ To start your first analysis:
 	- or with a **Right-click** > **Open with** > **Terminal.app**
 	- or with **CLI** from a terminal:
 
-Exemple script:
-```shell
-./Run_GeVarLi.sh
-```
+!!! shell
+    _Exemple script to rin GeVarLi_
+    ```shell
+    ./Run_GeVarLi.sh
+    ```
 
 !!! warning
    If your reads were generated with an **amplicon protocol**, you will also need to provide the **amplicon primer coordinates** in **BEDPE** format, so the **primers are trimmed appropriately** using **bamclipper**.
@@ -133,8 +134,9 @@ Exemple script:
 │       └── 📦 SARS-CoV-2_Omicron-BA1_Covid-Seq-Lib-on-MiSeq_250000-reads_R2.fastq.gz
 │
 └── 📂 documentation/
-    ├── mkdocs.yaml
-    ├── extra.css
+    │
+    ├── ⚙️ mkdocs.yaml
+    ├── 🌐 extra.css
     │
     ├── 📂 images/
     │   │
@@ -146,13 +148,35 @@ Exemple script:
     │
     ├── 📂 en/
     │   │
-    │   ├── index.md
+    │   ├── 📚 index.md
     │   │
     │   └── 📂 pages/
+    │       │
+    │       ├── 📚 acknowledgedments.md
+    │       ├── 📚 afroscreen
+    │       ├── 📚 configurations.md
+    │       ├── 📚 contributions.md
+    │       ├── 📚 features.md
+    │       ├── 📚 glossary.md
+    │       ├── 📚 installations.md
+    │       ├── 📚 references.md
+    │       ├── 📚 results.md
+    │       └── 📚 usage.md
     │
     └── 📂 fr/
         │
-        ├── index.md
+        ├── 📚 index.md
         │
-        └── pages/
+        └── 📂 pages/
+            │
+            ├── 📚 acknowledgedments.md
+            ├── 📚 afroscreen
+            ├── 📚 configurations.md
+            ├── 📚 contributions.md
+            ├── 📚 features.md
+            ├── 📚 glossary.md
+            ├── 📚 installations.md
+            ├── 📚 references.md
+            ├── 📚 results.md
+            └── 📚 usage.md
 ```

documentations/fr/pages/configurations.md

 # **Configuration**
 
 !!! tip
-   Vous pouvez modifier les paramètres par défaut dans le fichier **config.yaml** situé dans le répertoire **./config/**.
+    Vous pouvez modifier les paramètres par défaut dans le fichier **config.yaml** situé dans le répertoire **./config/**.
 
 ## **Ressources**
 Modifiez pour correspondre à votre configuration matérielle  
@@ -96,4 +96,4 @@ Modifiez pour correspondre à votre configuration matérielle
 - **yaml*** : chemins/noms/versions des environnements conda _(par défaut : workflow/environments/{tools}_v.{version}.yaml)_
 
 !!! note
-   Modifiez uniquement si vous souhaitez changer certains environnements (ex : tester une nouvelle version ou revenir à une ancienne).
+    Modifiez uniquement si vous souhaitez changer certains environnements (ex : tester une nouvelle version ou revenir à une ancienne).

documentations/fr/pages/installations.md

@@ -18,29 +18,29 @@ Vous pouvez **télécharger** et **installer** la dernière version de **Minifor
 !!! shell
     _Exemple de script pour les systèmes Linux\_x86\_64 bits ou Sous-système Windows pour Linux (WSL)_
     ```shell
-    # Download
+    # Téléchargement
     curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
     
-    # Install
+    # Installation
     bash ./Miniforge3-Linux-x86_64.sh -b -p ~/miniforge3/
     
-    # Clean
+    # Nettoyage
     rm -f ./Miniforge3-Linux-x86_64.sh
     
-    # Configure
+    # Configuration
     ~/miniforge3/condabin/conda config --add channels bioconda
     /miniforge3/condabin/conda config --add channels conda-forge
     ~/miniforge3/condabin/conda config --set channel_priority strict
     ~/miniforge3/condabin/conda config --set auto_activate_base false
     
-    # Update
+    # Mise à jour
     ~/miniforge3/condabin/conda update conda --yes
     
-    # Check install
+    # Contrôle l'installation
     ~/miniforge3/condabin/conda --version
     ~/miniforge3/condabin/conda config --show channels
     
-    # Init
+    # Initialisation
     ~/miniforge3/condabin/conda init
     ```
 	
@@ -62,17 +62,20 @@ Vous pouvez **télécharger** GeVarLi en tant que fichier zip depuis le dépôt
 !!! shell
     _Exemple de script pour télécharger GeVarLi dans votre répertoire ```/home/```_
     ```shell
-    # Download
+    # Téléchargement
     curl https://forge.ird.fr/transvihmi/nfernandez/GeVarLi/-/archive/main/GeVarLi-main.tar.gz -o ~/GeVarLi-main.tar.gz
     
     # Untar
     tar -xzvf ~/GeVarLi-main.tar.gz
     
-    # Clean
+    # Nettoyer l'archive
     rm -f ~/GeVarLi-main.tar.gz
     
-    # Rename
+    # Renomer le répertoire
     mv ~/GeVarLi-main/ ~/GeVarLi/
+	
+	# Se déplacer dans le répertoire GeVarLi
+	cd ~/GeVarLi/
     ```
 
 !!! tip
@@ -80,10 +83,10 @@ Vous pouvez **télécharger** GeVarLi en tant que fichier zip depuis le dépôt
     
 	_Exemple de script pour le cloner et le mettre à jour, dans votre répertoire ```/home/```_
     ```shell
-    # Clone
+    # Cloner
     git clone --depth 1 https://forge.ird.fr/transvihmi/nfernandez/GeVarLi.git ~/GeVarLi/
     cd ~/GeVarLi/
     
-    # Update/Pull (présumant que vous êtes dans le répertoire GeVarLi/)
+    # Mise à jour avec un 'git pull' (présumant que vous êtes dans le répertoire GeVarLi/)
     git reset --hard HEAD && git pull --depth 1 --verbose
     ```

documentations/fr/pages/usage.md

@@ -14,10 +14,11 @@ Pour lancer votre première analyse :
 	- soit avec un clic droit > Ouvrir avec > Terminal.app,
 	- soit avec l’interface CLI depuis un terminal :
 	
-Exemple de script:
-```shell
-./Run_GeVarLi.sh
-```
+!!! shell
+    _Exemple de script lançant GeVarLi_
+    ```shell
+    ./Run_GeVarLi.sh
+    ```
 
 !!! warning
    Si vos lectures ont été générées avec un **protocole d’amplification**, vous devrez également fournir les **coordonnées des amorces d’amplification** au format **BEDPE**, afin que les **amorces soient correctement retirées** en utilisant **bamclipper**.
@@ -133,8 +134,9 @@ Exemple de script:
 │       └── 📦 SARS-CoV-2_Omicron-BA1_Covid-Seq-Lib-on-MiSeq_250000-reads_R2.fastq.gz
 │
 └── 📂 documentation/
-    ├── mkdocs.yaml
-    ├── extra.css
+    │
+    ├── ⚙️ mkdocs.yaml
+    ├── 🌐 extra.css
     │
     ├── 📂 images/
     │   │
@@ -146,13 +148,35 @@ Exemple de script:
     │
     ├── 📂 en/
     │   │
-    │   ├── index.md
+    │   ├── 📚 index.md
     │   │
     │   └── 📂 pages/
+    │       │
+    │       ├── 📚 acknowledgedments.md
+    │       ├── 📚 afroscreen
+    │       ├── 📚 configurations.md
+    │       ├── 📚 contributions.md
+    │       ├── 📚 features.md
+    │       ├── 📚 glossary.md
+    │       ├── 📚 installations.md
+    │       ├── 📚 references.md
+    │       ├── 📚 results.md
+    │       └── 📚 usage.md
     │
     └── 📂 fr/
         │
-        ├── index.md
+        ├── 📚 index.md
         │
-        └── pages/
+        └── 📂 pages/
+            │
+            ├── 📚 acknowledgedments.md
+            ├── 📚 afroscreen
+            ├── 📚 configurations.md
+            ├── 📚 contributions.md
+            ├── 📚 features.md
+            ├── 📚 glossary.md
+            ├── 📚 installations.md
+            ├── 📚 references.md
+            ├── 📚 results.md
+            └── 📚 usage.md
 ```