Doc: add afroscreen to web pages

documentations/en/pages/afroscreen.md

-# AFROSCREEN
+![](images/afroscreen.jpg){: style="height:100px"}
+
+# AFROSCREEN, sequencing capacity building sequencing in Africa
+
+AFROSCREEN, is a French response program against Covid-19 to strengthen monitoring of the evolution of variants in 13 African countries.
+
 
 ## Genomic sequencing, a public health tool
 
 The establishment of a surveillance and sequencing network is an essential public health tool for detecting and containing pathogens with epidemic potential. Genomic sequencing makes it possible to identify pathogens, monitor the emergence and impact of variants, and adapt public health policies accordingly.
 
-The Covid-19 epidemic has highlighted the disparities that remain between continents in terms of surveillance and sequencing systems. At the end of October 2021, of the 4,600,000 sequences shared on the public and free GISAID tool worldwide, only 49,000 came from the African continent, i.e. less than 1% of the cases of Covid-19 diagnosed on this continent.
+The Covid-19 epidemic has highlighted the disparities that remain between continents in terms of surveillance and sequencing systems. At the end of October 2021, of the **4,600,000 sequences** shared on the public and free [GISAID](https://gisaid.org) tool worldwide, only 49,000 came from the African continent, i.e. less than 1% of the cases of Covid-19 diagnosed on this continent.
+
+## Objectives
+
+  - Detect SARS-CoV-2 variants and other emerging pathogens.
+  - Investigate the epidemiological characteristics and the clinical impact of the variants.
+  - Assist in public health decision-making at the national and international level.
+
+In the long term, the program will consolidate technological platforms by structuring a sustainable network for monitoring emerging pathogens in Africa, thus responding to the challenges of “One Health – Global Health”.
+
+## Network
+
+The AFROSCREEN project structures a [network](https://www.afroscreen.org/en/network) of 25 laboratories, reference centers and partners in 13 African countries.
+
+## Actions
+
+Sequencing is an important surveillance tool, which must be combined with the evaluation of the phenotypic characteristics of new variants.
+
+Indeed, some mutations of the SARS-CoV-2 genome can affect the properties of the virus and influence its transmissibility, spread, speed of replication, clinical presentation of the disease and its ability to circumvent the public health measures deployed to control it. Surveillance and surveys will therefore be conducted in order to define the characteristics of the variants of interest detected in Africa.
+
+In support of the national structures tasked with managing epidemics, such as the various countries’ operations centres for regulation and responses to sanitary and social emergencies (CORRUS), the ‘Public health surveillance and epidemiological surveys’ component of AFROSCREEN includes three areas of intervention, which will be implemented in the countries of the project:
+
+  - Describe the SARS-CoV-2 infection trends in terms of time, place and people by setting up sentinel surveillance
+  - Describe the clinical, biological and epidemiological characteristics of confirmed cases of SARS-CoV-2 VOIs/VOCs by investigating those cases
+  - Study the transmission factors of the new SARS-CoV-2 variants through the prospective investigation of household contacts
+
+
+## Consortium
+
+As part of the [Covid-19 – Health in Common initiative](https://www.afd.fr/en/actualites/covid-19-health-common-initiative), the French Development Agency (AFD) funded in 2020 three large-scale projects to build the Covid-19 diagnostic capacities of African laboratories:
+
+  - [APHRO-CoV](https://aphro-cov.com)
+  - [ARIA-CoV](https://www.ariacov.org)
+  - ‘Support for five Pasteur Network institutes in Africa’
+
+In continuity with these projects and following the emergence of the alpha and beta variants, it was decided to join forces and set up AFROSCREEN, a joint project led by a consortium of three French research and public health institutes: ANRS | Maladies infectieuses émergentes, Institut Pasteur and the French National Research Institute for Sustainable Development (IRD), and their networks of 25 partner laboratories and reference centres in 13 countries of sub-Saharan Africa.
+
+## The steering committee
+
+The AFROSCREEN project coordination team is made up of a project scientific coordinator and a general coordinator, as well as a scientific coordinator and a project manager for each member of the consortium: ANRS | Maladies infectieuses émergentes, IRD and Institut Pasteur. The representatives of the African partners also sit on the project’s Steering Committee. The three working groups, “laboratory”, “epidemiology” and “communication”, are coordinated by consortium referents.

documentations/fr/pages/afroscreen.md

-# AFROSCREEN
+![](images/afroscreen.jpg){: style="height:100px"}
 
-## Genomic sequencing, a public health tool
+# AFROSCREEN, renforcement des capacités de séquençage en Afrique
 
-The establishment of a surveillance and sequencing network is an essential public health tool for detecting and containing pathogens with epidemic potential. Genomic sequencing makes it possible to identify pathogens, monitor the emergence and impact of variants, and adapt public health policies accordingly.
+AFROSCREEN, un programme de riposte française contre la Covid-19 pour renforcer la surveillance de l’évolution des variants dans 13 pays d’Afrique.
 
-The Covid-19 epidemic has highlighted the disparities that remain between continents in terms of surveillance and sequencing systems. At the end of October 2021, of the 4,600,000 sequences shared on the public and free GISAID tool worldwide, only 49,000 came from the African continent, i.e. less than 1% of the cases of Covid-19 diagnosed on this continent.
+
+## Le séquençage génomique, un outil de santé publique
+
+La mise en place d’un réseau de surveillance et de séquençage est un outil de santé publique essentiel pour détecter et endiguer les agents pathogènes à potentiel épidémique. Le séquençage génomique permet d’identifier les pathogènes, de suivre l’émergence et l’impact de variants, et d’adapter les politiques de santé publique en conséquence.
+
+L’épidémie de Covid-19 a mis en exergue les disparités qui subsistent entre les continents en termes de dispositifs de surveillance et de séquençage. Fin octobre 2021, sur les **4 600 000 séquences** partagées sur l’outil public et gratuit [GISAID](https://gisaid.org) au niveau mondial, seules 49 000 provenaient du continent africain, soit moins d’1% des cas de Covid-19 diagnostiqués sur ce continent.
+
+## Objectives
+
+  - Détecter les variants du SARS-CoV-2 et autres pathogènes émergents.
+  - Investiguer les caractéristiques épidémiologiques et l’impact clinique des variants.
+  - Aider à la prise de décision en santé publique au niveau national et international.
+
+Sur le long terme, le programme consolidera des plateformes technologiques en structurant un réseau pérenne de surveillance des pathogènes émergents en Afrique, répondant ainsi aux enjeux « One Health – Santé Globale ».
+
+## Réseau
+
+Le projet AFROSCREEN structure un [réseau]((https://www.afroscreen.org/en/network)) de 25 laboratoires, centres de référence et partenaires, dans 13 pays d’Afrique.
+
+## Actions
+
+Le séquençage est un outil de surveillance important, qui doit être associé à l’évaluation des caractéristiques phénotypiques de nouveaux variants.
+
+En effet, certaines mutations du génome du SARS-CoV-2 peuvent affecter les propriétés du virus et influer sur sa transmissibilité, sa propagation, sa vitesse de réplication, la présentation clinique de la maladie et sa capacité à contourner les mesures de santé publique mises en place pour le contrôler. Une surveillance et des enquêtes seront donc menées afin de définir les caractéristiques des variants d’intérêt détectés en Afrique.
+
+Trois axes d’intervention
+En appui aux structures nationales en charge de la gestion des épidémies tels que les Centres opérationnels et de régulation de la réponse aux urgences sanitaires (CORUS) des différents pays, le volet « Surveillance de santé publique et enquêtes épidémiologiques » du projet AFROSCREEN comprend trois axes d’intervention, qui seront mis en place dans les pays du projet :
+
+  - Décrire les tendances de l’infection à SARS-CoV-2 en terme de temps, lieu, personne par la mise en place d’une surveillance sentinelle
+  - Décrire les caractéristiques cliniques, biologiques et épidémiologiques des cas confirmés de VOI/VOC du SARS-CoV-2 par l’investigation des cas confirmés de VOI/VOC du SARS-CoV-2
+  - Étudier les facteurs de transmission des nouveaux variants du SARS-CoV-2 par l’investigation prospective des contacts familiaux
+  
+## Consortium
+
+Dans le cadre de l’[initiative Covid-19 – Santé en Commun](https://www.afd.fr/en/actualites/covid\
+-19-health-common-initiative), l’AFD a financé en 2020 trois projets d’envergure pour le renforcement des capacités de laboratoires en Afrique pour le diagnostic Covid-19 :
+
+  - [APHRO-CoV](https://aphro-cov.com)
+  - [ARIA-CoV](https://www.ariacov.org)
+  - « Le soutien à cinq instituts du Pasteur Network en Afrique »
+
+En continuité avec ces projets, et suite à l’émergence des variants alpha et béta, il a été décidé de mutualiser les efforts et de mettre en place le projet AFROSCREEN, un projet commun coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, et porté par un consortium des trois institutions françaises de recherche et de santé publique : ANRS Maladies infectieuses émergentes, l’Institut Pasteur et l’IRD, et leurs réseaux de 25 laboratoires et centres de référence et partenaires dans 13 pays d’Afrique subsaharienne.
+
+## Comité de Pilotage
+
+L’équipe de coordination du projet AFROSCREEN est composée d’un responsable scientifique et d’une coordinatrice générale, ainsi que d’un coordinateur scientifique et une cheffe de projet pour chaque membre du consortium : ANRS | Maladies infectieuses émergentes, IRD et Institut Pasteur. Les représentants des partenaires africains siègent aussi au Comité du Pilotage du projet. Les trois groupes de travail « laboratoire », « épidémiologie » et « communication » sont coordonnés par des référents du consortium.