## Assemblage de GEnomes, Détection de VARiants et Assignation de LIgnées
# Assemblage de **ge**nomes, Détection de **var**iants et Assignation de **li**gnées
## A propos
GeVarLi est un pipeline Snakemake FAIR, open-source, évolutif, modulable et traçable. Il est utilisé pour l’assemblage de génomes et le suivi des variants du SARS-CoV-2 (et d’autres virus), en exploitant les séquences de lectures courtes générées par les bibliothèques COVIDSeq™ d’Illumina Inc.
GeVarLi a été initialement développé en interne (octobre 2021) pour le projet **[AFROSCREEN](https://www.afroscreen.org/)**, avant d’être rendu public sur GitLab (mars 2022).