symlinks_renamming.smk

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# Name ___________________ symlinks_renamming.smk
# Version ________________ v.2025.01
# Author _________________ Nicolas Fernandez
# Affiliation ____________ IRD_U233_TransVIHMI
# Aim ____________________ Create fastq symlinks
# Date ___________________ 2025.01.31
# Latest modifications ___ 2025.03.12
# Use ____________________ snakemake -s Snakefile --use-conda -j
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rule config:
    # Aim: Load configuration file
    # Use: yq -r . <CONFIG_FILE>
    message:
        """
        ~ Configuration ∞ Show analyses settings ~
        """
    conda:
        WORKFLOW
    input:
        config_file = "config/config.yaml"
    output:
        done = temp("done.temp")
    shell:
        "bash workflow/scripts/settings.sh "
        "&& "
        "touch {output.done}"

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rule symlinks:
    # Aim: Create fastq files symlinks
    # Use: ln -s <SOURCE> <LINK>
    message:
        """
        ~ Symlinks ∞ Creating symbolic links ~
        Sample: __________ {wildcards.sample}
        Reads: ___________ R{wildcards.mate}
        """
    input:
        valid_fastq = lambda wildcards: os.path.abspath(VALID_FASTQ[wildcards.sample][wildcards.mate]),
        done = "done.temp"
    output:
        symlink = temp("results/symlinks/{sample}_R{mate}.fastq.gz")
    log:
        "results/10_Reports/tools-log/symlinks/{sample}_R{mate}.log"
    shell:
        "mkdir -p $(dirname {output.symlink}) "
        "&& "
        "ln -sf "
        "{input.valid_fastq} "
        "{output.symlink} "
        "&> {log}"

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