Delete 01_Pipeline-Bulkrna_3D7.sh

Scripts/01_Pipeline-Bulkrna_3D7.sh

-#!/bin/bash
-
-GENERAL=/Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/
-GENOME=/Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/PlasmoDB-46_Pfalciparum3D7_AnnotatedTranscripts.fasta # rajouter a l'avenir les genes var référencés et enlever les genes vars de 3D7. 
-READS=//Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/01_RawData
-FASTQC=/usr/local/bin/fastqc
-TRIMM=/Users/COHEN/Documents/Logiciels/trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar
-STAR=/Users/COHEN/Documents/Logiciels/star-2.7.3a/bin/macosx_x86_64/
-PATH_DATA_TRIM=/Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/04_Trimm
-
-
-#---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-#FastQC
-cd $GENERAL
-echo "########################## FastQC ##########################"
-if [ ! -d "03_FastQC" ];then #Creation du fichier
-	mkdir -p 03_FastQC #-p créer tous les dossiers dans l'aborescence
-	for fq in $READS/*_R1.fastq.gz
-      do
-      f2=${fq%%_R1.fastq.gz}"_R2.fastq.gz"
-      f3=${fq%%_*}
-      echo "We do FastQC for:" $f3"."
-      fastqc -o FastQC -t 4 $f1 $f2 #-o repertoire output pour l'échantillon -t est le nombre de taches que lui dit de faire en mm temps 1 coeur= 1 tache
-     done     
-fi
-
-
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-
-#Trimming avec trimmomatic
-
-echo "########################### Trimming des séquences ##########################"
-if [ ! -d "04_Trimm" ];then #Creation du fichier
-	mkdir "04_Trimm"
-cd $READS
-	for ft in *_R1.fastq.gz;
-      do
-      f1=$ft
-      f2=${ft/_R1.fastq.gz/}_R2.fastq.gz
-      f3=${ft%%_*}
-
-		java -jar /Users/COHEN/Documents/Logiciels/trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE -trimlog Resultslog.txt $f1 $f2 $f3"_1_paired.fq.gz" $f3"_1_unpaired.fq.gz" $f3"_2_paired.fq.gz" $f3"_2_unpaired.fq.gz"  ILLUMINACLIP:/Users/COHEN/Documents/Logiciels/trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50
-    mv $f3"_1_paired.fq.gz" $f3"_1_unpaired.fq.gz" $f3"_2_paired.fq.gz" $f3"_2_unpaired.fq.gz" /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/04_Trimm
-	done 
-fi
-
-
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-
-## /!\ DO NOT RUN /!\
-#Indexing for STAR
-cd $GENERAL
-if [ ! -d "05_Index_STAR" ];then
-    echo "########################### Indexing for STAR ##########################"
-    cd /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/P0060623_1612/
-    mkdir "05_Index_STAR"
-    cd /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/
-    /Users/COHEN/Documents/Logiciels/STAR-2-7-5c/bin/MacOSX_x86_64/STAR \
-      --runMode genomeGenerate \
-     --runThreadN 4 \
-      --genomeDir /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/05_Index_STAR \
-      --genomeFastaFiles /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/plasmodb-46_pfalciparum3d7_genome.fasta \
-      --sjdbGTFfile /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/plasmodb-46_pfalciparum3d7_gffread.gtf\
-      
-fi
-
-cd $GENERAL
-#Mapping with STAR
-if [ ! -d "05-Mapping_STAR" ];then
-  echo "########################### Mapping with STAR ##########################"
-  mkdir "05-Mapping_STAR"
-  cd $PATH_DATA_TRIM
-
-  for f1 in *_1_paired.fq.gz
-    do    f2=${f1%%_1_paired.fq.gz}"_2_paired.fq.gz"
-      echo $f2
-      f3=${f1%_1_paired.fq.gz}
-      echo $f3
-      echo "We do the mapping for:" $f3"."
-
-      /Users/COHEN/Documents/Logiciels/STAR-2-7-5c/bin/MacOSX_x86_64/STAR --runThreadN 4 \
-         --genomeDir  /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/05_Index_STAR \
-         --readFilesIn $f1 $f2 \
-         --readFilesCommand gunzip -c \
-         --outFileNamePrefix /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/05-Mapping_STAR/"/"$f3 \
-         --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
-         --sjdbGTFfile /Users/COHEN/Documents/BulkRNA/AnalysesBioinformatiques/02_Genome/plasmodb-46_pfalciparum3d7_gffread.gtf \
-         --sjdbGTFtagExonParentTranscript Parent \
-         --runMode alignReads \
-         --outFilterMultimapNmax 1\
-         --outFilterMatchNmin 35 \
-         --twopassMode Basic
-  done
-fi
-
-cd 
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