Adding tree

README.rst

@@ -86,7 +86,39 @@ Download or build the singularity container in the container directory
 
 ::
 
-    tree
+    frangipane
+    ├── docs
+    │   ├── build
+    │   ├── requirements.txt
+    │   └── source
+    ├── frangiPANe
+    │   ├── containers
+    │   │   ├── frangiPANe.def
+    │   │   └── frangiPANe.sif
+    │   ├── default_profile
+    │   │   ├── cluster_config.yaml
+    │   │   ├── config.yaml
+    │   │   └── ...
+    │   ├── frangiPANe-complete.sh
+    │   ├── install_files
+    │   │   ├── cluster_config_SLURM.yaml
+    │   │   ├── config.yaml
+    │   │   └── tools_path.yaml
+    │   ├── main.py
+    │   ├── module.py
+    │   ├── report
+    │   ├── schemas
+    │   ├── snakefiles
+    │   ├── snakemake_scripts
+    │   │   ├── frangiPANe.py
+    │   │   ├── generate_jb_frangiPANe.py
+    │   │   ├── generate_jb.py
+    │   │   └── __init__.py
+    │   └── VERSION
+    ├── LICENSE
+    ├── pyproject.toml
+    └── README.rst
+
 
 II - Downloading a dataset to test frangiPANe
 --------------------
@@ -131,12 +163,37 @@ III - Run FrangiPANe
     module load singularity/4.0.1
     frangiPANe run_cluster -c /scratch/tranchant/data_test_config.RN.yaml
 
+** example input**
+
+
 IV - Outputs
 --------------
 
 ::
 
-    tree
+    tranchant@node1 tranchant]$ tree rice-output/
+    rice-output/
+    ├── 01-fastq
+    │   ├── 01_mapped
+    │   │   ├── panref
+    │   │   └── ref
+    │   └── 02-filtered
+    │       └── ref
+    ├── 02-assembly
+    │   ├── 01-abyss
+    │   ├── 02-filtered
+    │   ├── 03-vecscreen
+    │   └── 04-samples-merged
+    ├── 03-clustering
+    │   ├── 01-cd-hit
+    │   └── 02-panreference
+    ├── 04-stats
+    │   ├── 01-fastq
+    │   ├── 04-plots
+    │   └── 04-summary
+    ├── LOGS
+    └── report
+
 
 Authors
 --------------