changed the order in which the output files are generated, to prepare for changes to reduce memory usage

replaced binary search by search in dictionary for getting the index of the segments in the target genome path

ajouté l'orientation des segments lors de la détection des variations, mais pas encore prise en compte

réorganisé les fonctions en deux fichiers pour plus de clareté. corrigé la gestion des délétions en fin de feature

commencé à réorganiser le code plus proprement.changé l'output du détail des variations, corrigé quelques erreurs de calculs de coordonnées

commencé à regarder si on a une insertion deletion ou substitution, et de quelle taille. pas fini, mais fonctionne

modification de l'output. on a maintenant une seule ligne par feature. une feature est transféré si sa taille total n'est pas trop eliognée de sa taille sur le genome d'origine