tests pour l'inférence des effets des variations. commencé à traiter les indel et les deletions de codons start et stop dans les cds

converti le fichier gaf avec les positions des genes dans le graphe en lignes W ajoutées au fichier gfa contenant le graphe

ajouté l'orientation des segments lors de la détection des variations, mais pas encore prise en compte

réorganisé les fonctions en deux fichiers pour plus de clareté. corrigé la gestion des délétions en fin de feature

commencé à réorganiser le code plus proprement.changé l'output du détail des variations, corrigé quelques erreurs de calculs de coordonnées

commencé à regarder si on a une insertion deletion ou substitution, et de quelle taille. pas fini, mais fonctionne

modification de l'output. on a maintenant une seule ligne par feature. une feature est transféré si sa taille total n'est pas trop eliognée de sa taille sur le genome d'origine