réuni les cas où la différence de taille et la position sont multiple de 3,...

réuni les cas où la différence de taille et la position sont multiple de 3, réglé des problèmes de coordonnées

inference.py

@@ -55,7 +55,7 @@ def add_feature_sequence(feature,seg_seq):
     feature_sequence=""
     for segment in feature.segments_list:
         if segment==feature.segments_list[0]:
-            feature_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[feature.pos_start-1:] # revérifier les +/- 1 pour la position, avec de vraies données
+            feature_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[feature.pos_start-2:] # revérifier les +/- 1 pour la position, avec de vraies données
         elif segment==feature.segments_list[-1]:
             feature_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[0:feature.pos_stop] # revérifier les +/- 1 pour la position, avec de vraies données
         else:
@@ -221,7 +221,7 @@ def get_sequence_on_genome(feature,segments_on_target_genome):
     new_sequence=""
     for segment in path_on_target:
         if segment==cds.segments_list[0]:
-            new_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[cds.pos_start-1:]
+            new_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[cds.pos_start-2:]
         elif segment==cds.segments_list[-1]:
             new_sequence+=get_segment_sequence(seg_seq,segment)[0:cds.pos_stop]
         else:
@@ -287,19 +287,11 @@ for cds_id in cds_var.keys():
     frame_shift=0
     for var in cds_var[cds_id]:
         type_var=var[8]
-        posVar_on_ref=int(var[12])-1
-        posVar_on_alt=int(var[13])-1
-        sequence_target=get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)
-        # frame var ? pos_var-1 %3
         if type_var!="no_var": # if there is a variation
+            posVar_on_ref=int(var[12])
+            posVar_on_alt=int(var[13])
+            sequence_target=get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)
 
-            if "/" in var[11]: # if the variation has a different ref and alt size
-                size_var=var[11].split("/")
-            else:
-                size_var=var[11]
-            # how to use size_var if it can be in two different formats (list or int) ?
-
-            print(var)
             if type_var=="insertion":
                 length_ref=0
             else:
@@ -308,67 +300,41 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                 length_alt=0
             else:
                 length_alt=len(var[10])
+            
+            print(var)
 
             if abs(length_alt-length_ref)%3 == 0: # taille diff 3k -> pas de frame shift.
 
-                if (posVar_on_ref)%3==0: # position 3k
+                if (posVar_on_ref)%3==0: # taille diff 3k, position 3k
                     print("variation entre deux codons sans décalage du cadre de lecture")
                     if type_var=="insertion":
                         print(type_var,"de",var[10])
-                    if type_var=="deletion":
+                    elif type_var=="deletion":
                         print(type_var,"de",var[9])
                     else:
                         print(type_var,"de",var[9],"par",var[10])
 
-                    if length_ref%3==0: # taille 3K -> pas d'impact sur l'aa en aval
-                        deleted_aa=traduction(get_rna(var[9]))
-                        inserted_aa=traduction(get_rna(var[10]))
-
-                        if (length_ref!=0) & (length_alt!=0):
-                            if deleted_aa!=inserted_aa:
-                                print("conséquence : changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
-                            else:
-                                print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
-                        elif length_alt!=0:
-                            print("conséquence : insertion de",",".join(inserted_aa))
-                        else:
-                            print("conséquence : deletion de",",".join(deleted_aa))
-                        
-                    else: # taille != 3k : impact sur l'aa d'après. 
-                    ## on peut peut-être fusionner ces deux cas (if et else courants), mais il faudra modifier
-                    ## le calcul des derniers aa ins et del parce que ça bug quand il n'y a pas d'ins ou de del
-                        
-                        taille_del_entiere=(length_ref//3)*3
-                        taille_ins_entiere=(length_alt//3)*3
-
-                        deleted_aa=traduction(get_rna(var[9][0:taille_del_entiere]))
-                        inserted_aa=traduction(get_rna(var[10][0:taille_ins_entiere]))
-
-                        len_fragment_after=3-(length_ref%3)
-                        reste_cds=cds.sequence[posVar_on_ref+length_ref:posVar_on_ref+length_ref+len_fragment_after] # sequence sur le génome d'origine
-                        # pour inserter_aa, il faudrait faire la meme chose mais avec la sequence target !
-                        # get_sequence_on_genome(cds_id,segments_on_target_genome)
-
-                        reste_ins=var[10][-(length_alt%3):]
-                        dernier_aa_ins=reste_ins+reste_cds
-                        
-                        reste_del=var[9][-(length_ref%3):]
-                        dernier_aa_del=reste_del+reste_cds
-
-                        deleted_aa.append(traduction(get_rna(dernier_aa_del))[0])
-                        inserted_aa.append(traduction(get_rna(dernier_aa_ins))[0])
-                        
-                        print(dernier_aa_del,"->",dernier_aa_ins) # à supprimer. seulement le dernier aa de la délétion et de l'insertion. 
+
+                    len_fragment_after=(3-length_ref)%3
+                    deleted_aa=traduction(get_rna(cds.sequence[posVar_on_ref:posVar_on_ref+length_ref+len_fragment_after]))
+                    inserted_aa=traduction(get_rna(sequence_target[posVar_on_alt:posVar_on_alt+length_alt+len_fragment_after]))
+
+                    if (length_ref!=0) & (length_alt!=0):
                         if deleted_aa!=inserted_aa:
                             print("conséquence : changement de",",".join(deleted_aa),"en",",".join(inserted_aa))
                         else:
                             print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
+                    elif length_alt!=0:
+                        print("conséquence : insertion de",",".join(inserted_aa))
+                    else:
+                        print("conséquence : deletion de",",".join(deleted_aa))
+
 
                 else: # position !=3k, taille diff 3k
                     print("variation au milieu d'un codon sans décalage du cadre de lecture")
                     if type_var=="insertion":
                         print(type_var,"de",var[10])
-                    if type_var=="deletion":
+                    elif type_var=="deletion":
                         print(type_var,"de",var[9])
                     else:
                         print(type_var,"de",var[9],"par",var[10])
@@ -386,7 +352,7 @@ for cds_id in cds_var.keys():
                     else:
                         print("conséquence : mutation synonyme dans",",".join(deleted_aa))
 
-                # possibilité que j'ai pris en compte une variation de plus, si on a un snp sur la premiere et la derniere base d'un codon : 
+                # possibilité que j'ai print en compte une variation de trop, si on a un snp sur la premiere et la derniere base d'un codon : 
                 # pour le traitement de la première j'ai également considéré la dernière !