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AMAPVox
AMAPVox Stubs

Repository

curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-MacOSX-x86_64.sh
bash ./Miniforge3-MacOSX-x86_64.sh -b -p ~/miniforge3/
rm -f ./Miniforge3-MacOSX-x86_64.sh

~/miniforge3/condabin/conda init
shell=$(~/miniforge3/condabin/conda init 2> /dev/null | grep "modified" | sed 's/modified      //')
source ${shell}
curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
bash ./Miniforge3-Linux-x86_64.sh -b -p ~/miniforge3/
rm -f ./Miniforge3-Linux-x86_64.sh

~/miniforge3/condabin/conda init
shell=$(~/miniforge3/condabin/conda init 2> /dev/null | grep "modified" | sed 's/modified      //')
source ${shell}
~/miniforge3/condabin/conda config --add channels bioconda
~/miniforge3/condabin/conda config --add channels conda-forge
~/miniforge3/condabin/conda config --set channel_priority strict
~/miniforge3/condabin/conda config --set auto_activate_base false

~/miniforge3/condabin/conda update conda --yes

~/miniforge3/condabin/conda --version
~/miniforge3/condabin/conda config --show channels
curl https://forge.ird.fr/transvihmi/nfernandez/GeVarLi/-/archive/main/GeVarLi-main.tar.gz -o ~/GeVarLi-main.tar.gz
tar -xzvf ~/GeVarLi-main.tar.gz
mv ~/GeVarLi-main/ ~/GeVarLi/
rm -f ~/GeVarLi-main.tar.gz
git clone --depth 1 https://forge.ird.fr/transvihmi/nfernandez/GeVarLi.git ~/GeVarLi/
cd ~/GeVarLi/ && git reset --hard HEAD && git pull --depth 1 --verbose
./Run_GeVarLi.sh
 🧩 GeVarLi/
  └── 📂 results/
       ├── 🧬 All_{REFERENCE}_consensus_sequences.fasta
       ├── 📊 All_{REFERENCE}_genome_coverages.tsv
       ├── 📊 All_{REFERENCE}_nextclade_lineages.tsv
       ├── 📊 All_{REFERENCE}_pangolin_lineages.tsv
       ├── 🌐 All_readsQC_reports.html
       ├── 📂 00_Quality_Control/
       │    ├── 📂 fastq-screen/
       │    │    ├── 🌐 {SAMPLE}_R{1/2}_screen.html
       │    │    ├── 📈 {SAMPLE}_R{1/2}_screen.png
       │    │    └── 📄 {SAMPLE}_R{1/2}_screen.txt
       │    ├── 📂 fastqc/
       │    │    ├── 🌐 {SAMPLE}_R{1/2}_fastqc.html
       │    │    └── 📦 {SAMPLE}_R{1/2}_fastqc.zip
       │    └── 📂 multiqc/
       │         ├── 🌐 multiqc_report.html
       │         └──📂 multiqc_data/
       │             ├── 📝 multiqc.log
       │             ├── 📄 multiqc_citations.txt
       │             ├── 🌀 multiqc_data.json
       │             ├── 📄 multiqc_fastq_screen.txt
       │             ├── 📄 multiqc_fastqc.txt
       │             ├── 📄 multiqc_general_stats.txt
       |             └── 📄 multiqc_sources.txt
       ├── 📂 01_Trimmidapt
       │    ├── 📂 cutadapt/
       │    │    └── 📦 {SAMPLE}_cutadapt-removed_R{1/2}.fastq.gz       # [temp]
       │    └── 📂 sickle/
       │         ├── 📦 {SAMPLE}_sickle-trimmed_R{1/2}.fastq.gz         # [temp]
       │         └── 📦 {SAMPLE}_sickle-trimmed_SE.fastq.gz             # [temp]
       ├── 📂 02_Mapping/
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_mark-dup.bam
       │    ├── 🗂️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_mark-dup.bam.bai
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_mark-dup.primerclipped.bam
       │    ├── 🗂️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_mark-dup.primerclipped.bam.bai
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{ALIGNER}-mapped.sam                        # [temp]
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_sorted-by-names.bam               # [temp]
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_fixed-mate.bam                    # [temp]
       │    └── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_sorted.bam                        # [temp]
       ├── 📂 03_Coverage/
       │    ├── 📊 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_coverage-stats.tsv
       │    ├── 🛏️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_genome-cov.bed                    # [temp]
       │    ├── 🛏️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_min-cov-filt.bed         # [temp]
       │    └── 🛏️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_low-cov-mask.bed         # [temp]
       ├── 📂 04_Variants/
       │    ├── 🧬 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_masked-ref.fasta
       │    ├── 🗂️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_masked-ref.fasta.fai
       │    ├── 🧭 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_indel-qual.bam
       │    ├── 🗂️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_indel-qual.bai
       │    ├── 🧮️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_variant-call.vcf
       │    ├── 🧮️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_variant-filt.vcf
       │    ├── 📦 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_variant-filt.vcf.bgz     # [temp]
       │    └── 🗂️  {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_variant-filt.vcf.bgz.tbi # [temp]
       ├── 📂 05_Consensus/
       │    └── 🧬 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_consensus.fasta
       ├── 📂 06_Lineages/
       │    ├── 📊 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_nextclade-report.tsv
       │    ├── 📊 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_pangolin-report.csv
       │    └── 📂 {SAMPLE}_{REFERENCE}_{ALIGNER}_{MINCOV}_nextclade-all/
       │         ├── 🧬 nextclade.aligned.fasta
       │         ├── 📊 nextclade.csv
       │         ├── 📊 nextclade.errors.csv
       │         ├── 📊 nextclade.insertions.csv
       │         ├── 🌀 nextclade.json
       │         ├── 🌀 nextclade.ndjson
       │         ├── 🌀 nextclade.auspice.json
       │         └── 🧬 nextclade_{GENE}.translation.fasta
       └── 📂 10_Reports/
            ├── ⚙️  config.log
            ├── 📝 settings.log
            ├── 🍜 gevarli-base_v.{VERSION}.yaml
            ├── 📂 conda_env/
            │    └── 📄 {TOOLS}_v.{version}.yaml
            ├── 📂 files-summaries
            ├── 📂 graphs/
            │    ├── 📈 {PIPELINE}_dag.{PNG/PDF}
            │    ├── 📈 {PIPELINE}_filegraph.{PNG/PDF}
            │    └── 📈 {PIPELINE}_rulegraph.{PNG/PDF}
            └── 📂 tools-log/
                 ├── 📂 awk/
                 ├── 📂 {TOOL}/
 🧩 GeVarLi/
 ├── 🖥️️  Start_GeVarLi.sh
 ├── 🧮 SLAM.sh
 ├── 📚 README.md
 ├── 🪪 LICENSE
 ├── 🚫 .gitignore
 ├── 📂 .git/
 ├── 📂 .snakemake/
 ├── 📂 configuration/
 │    ├── ⚙️  config.yaml
 │    ├── ⚙️  fastq-screen.conf
 │    └── ⚙️  multiqc.yaml
 ├── 📂 resources/
 │    ├── 📂 genomes/
 │    │    ├── 🧬 SARS-CoV-2_Wuhan_MN-908947-3.fasta
 │    │    ├── 🧬 Monkeypox-virus_Zaire_AF-380138-1.fasta
 │    │    ├── 🧬 {REFERENCE}.fasta
 │    │    ├── 🧬 QC_Phi-X174_Coliphage_NC-001422-1.fasta
 │    │    └── 🧬 QC_{REFERENCE}.fasta
 │    ├── 📂 indexes/
 │    │    ├── 📂 minimap2/
 │    │    │    └── 🗂️  {GENOME}.mmi
 │    │    ├── 📂 bwa/
 │    │    │    ├── 🗂️  {GENOME}.amb
 │    │    │    ├── 🗂️  {GENOME}.ann
 │    │    │    ├── 🗂️  {GENOME}.bwt
 │    │    │    ├── 🗂️  {GENOME}.pac
 │    │    │    └── 🗂️  {GENOME}.sa
 │    │    └── 📂 bowtie2/
 │    │         ├── 🗂️  {GENOME}.1.bt2
 │    │         ├── 🗂️  {GENOME}.2.bt2
 │    │         ├── 🗂️  {GENOME}.3.bt2
 │    │         ├── 🗂️  {GENOME}.4.bt2
 │    │         ├── 🗂️  {GENOME}.rev.1.bt2
 │    │         └── 🗂️  {GENOME}.rev.2.bt2
 │    ├── 📂 nextclade/
 │    │    └── 📂 {DATABASE}/
 │    │         ├── 🌍 genemap.gff
 │    │         ├── 🧪 primers.csv
 │    │         ├── ✅ qc.json
 │    │         ├── 🦠 reference.fasta
 │    │         ├── 🧬 sequences.fasta
 │    │         ├── 🏷️  tag.json
 │    │         └── 🌳 tree.json
 │    ├── 📂 reads/
 │    │    ├── 🛡️  .gitkeep
 │    │    ├── 📦 {SAMPLE}_R1.fastq.gz
 │    │    └── 📦 {SAMPLE}_R2.fastq.gz
 │    ├── 📂 test_data/
 │    │    ├── 🛡️  .gitkeep
 │    │    ├── 📦 SARS-CoV-2_Omicron-BA1_Covid-Seq-Lib-on-MiSeq_250000-reads_R1.fastq.gz
 │    │    └── 📦 SARS-CoV-2_Omicron-BA1_Covid-Seq-Lib-on-MiSeq_250000-reads_R2.fastq.gz
 │    └── 📂 visuals/
 │         ├── 📈 gevarli_rulegraph.png
 │         ├── 📈 gevarli_filegraph.png
 │         ├── 📈 GeVarLi_by_DALL-E_icone.png
 │         └── 📈 download_button.png
 └── 📂 workflow/
      ├── 📂 environments/
      │    ├── 🍜 {TOOL}_v.{VERSION}.yaml
      │    └── 🍜 workflow-base_v.{VERSION}.yaml
      └── 📂 snakefiles/
	       ├── 📜 gevarli.smk
	       └── 📜 indexing_genomes.smk