$Id: README 128 2007-03-12 16:05:06Z  ddagorne$

Installation:
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 voir fichier INSTALL

Utilisation:
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 Lancer le script main  depuis votre répertoire courant.

  selectionner un type de fichier TSG
 correspondant a un voyage a analyser 

   4 choix : (  menu déroulant :  type de fichier) 
        - TMERMO V3 (acq dos)                 .asc
        - LABVIEW V1                          .txt
        - "DENIS" apres préparation "excel"   .csv 
        - LABVIEW V2 .. entete "généraliste"  .txt

 un "voyage" est identifié par 
 - un identificateur de navires
 - l année du voyage
 - le numero du voyage dans l année 
    
ex : pa0501  pour le PASTEUR , 1 er voyage de l année 2005

  Pour un type de fichier, la liste de ceux ci apparait 
 ( menu déroulant  :  nom de fichier) 
 un click sur le nom du fichier dertermine le choix du voyage pour une session
  l ensemble des fichiers produits ( et données auxilliaires) 
 fera référence a ce nom dfe voyage
      - fichier "interne" de sauvegarde  et d acces rapide 
           apres décodage (  .mat)
      - fichier ASCII ( .dat) pour validation 
      - fichier "base de donnes" ( .xml) 
 Ces fichiers sont générées dans le répertoire de la donnée

      - fichier de "bucket" ( (.btl) si mesures bouteilles pendant le voyage
       ( dans repertoire SSSBUCKET ..)



1ere etape - ne faire qu une fois

LECTURE
 décodage et mise en forme de la donnée originale suivant sa provenance

 extraction des paramètres d instant ( YYYY-MM-DD-HH-MN-SS) et ce localmisation ( LAt-LON)
 calcul de l instant "aboslu" matlab ( jour Julien .. 0000-01-01 = 0.0) 
 extraction des "variables" 
SSTJ : SST "Jacket" du thermo 
SSS  : salinité 
VIT  : vitesse ( mesurée  ou calculée) 
 
par les fichiers.asc .. calcul d un indicateur de vitesse (0/1)
 ( le calcul de vitesse s avère impossible compte tenu de la précision de la localisation) 

 extraction et stockage ( .mat , .dat) des valeurs  extraites  : 

d instant 
( YYYY-MM-DD-HH-MN-SS et jour julien "matlab' )
 de position 
LAT - LON
 des variables
SST - SSS - VIT 


Un graphique statique est alors affichée , 
 avec en fonction du temps les valeur de SSTJ  , SSS LAT et LON 



 2 eme étape 
ANALYSE INTERCATIVE 

 apres le choix du fichier (type - nom) 
 on peut afficher et analyser interactivement les graphiques suivants


TRAJET : catographie LAT-LON 

         possibilité de zoom 
         affichage des valeurs instant - position - parametres 
              sous le curseur ( point le plus proche de la trajectoire)

SST-SSS-VIT vs TIM  

          plot d evolution temporelle de 3 variables :  SSTJ - SSS et VIT 
           possibilité de zoom
                     de défilement panoramique ( apres zoom) 

		activer un seul bouton a la fois ( qui apparait alors en rouge)  
                dezoomage ( et retour taille oiriginale) par click droit ( et activation zoom)
                 dans la fenetre de zoom de départ !!

             !!! fonction a améliorer !!!!!!

           Il est possible de suivre une position temporelle ( vs tim)
        en faisant apparaitre  la position géographique de l instant de mesures
       dans une fenetre de cartographie ..
   
             !!! pb de rafraichissement  !!!!


 autres graphiques  construit suivant le meme principe

SST-SSS-VIT-LAT-LON  vs TIM

SST-SST vs LAT 

SST-SS vs LON 



 3 eme étape 
VALIDATION 

 le fichier de validation est celui en ASCII ( .dat) 
  obtenus apres décodage .
 les "flags" de qualité sont initialise à 0 ( pas de controle)

  En cours de cette étape de validation, il est toujours possible d activer
 une SAUVEGARDE , qui prendra en compte les modifications en cours

 lors d une nouvelle session , l etape de validation  repartira ce  fichier



on retrouve les outils d analyse de  de l étape précédente 

 TRAJET 
 SSS-SST vs TIME  

 et les possibilites de  ZOOM et DEFILEMENT


Le coeur de cette étape est la VALIDATION  MANUELLE 
 ou l opérateur attribu un code de "Qualité" 
aux mesures pour un instant données, et ceci suivant sont "appréciation" 
 -  subjective  - de la validité des mesures enregistrées

 Il choisi un code de QC ( Quality Control) 
   = 0 pas de QC 
   = 1 valide
   = 2 probablement valide
   = 3 probablement faux
   = 4  faux

 menu déroulant : CHOIX DES CODES ( pour la SSS uniquement) 

 puis click droit confirmation

bouton "MANUELLE"  qui active le chois d une zone 
( actif uniquement suivant l axe TIM) 
 ou sera applique , sur les valeurs de SSS
 le flag "QC" précédemment chosi 

cette opération peut se repeter  plusieurs fois avec un meme code 

NB : remise a l etat initial  en chosiSsant le code 0 , sur toute la durée du voyage

cette option est compatible avec un zoom  existant ,
 ce qui permet au besoin de chosir quelques points seulement.

Une aide au choix des QC pour certaines zones ,
 est apporté par l affichage simultanée sur la courbe 
 temporelle de SSS, des valeurs climatologique ,
  encadrée des min-max +/- 3 ecarts types , apres la lecture
 des valeurs correspondante , dans des CLIMATOLOGIES 
 Celles ci sont de 3 types (redondantes  !!) 

  - Levitus annuelle  ( acces format netCDF )

  - Levitus saisonniere

		pour l ensemble des océans

  - Atlantique Tropicale ( source A. Dessier) 

La résolution des ces climatologies étant d 1 degres ,
les zones pret des cotes ne sont pas prise en compte 

 voir aussi le traitement ECHANTILLON ( "bucket") qui affiche,
 -  si existance  du fichier de mesure - 
 les valeurs de SSS mesurées in-situ pendant le voyage.


 
Il est conseillé de terminer en passant le filtre 'AUTOMATIQUE" 
 
Outre les rejets de valeurs ( de SST et SSS) hors bornes  physique,
 cette operation necessite la saisie des valeurs "limites" des gradients
 temporelle entre 2 points sucessif. Ces valmeurs peuvent etre appréciées 
 après l activation  du bouton GRADIENT, qui apres calcul,
 affiche la répartition de ceux ci dans une fenètre graphique
 pour appreciation par l opérateur des valeurs limites. 
( cas de "bruits" instrumentaux ) 
le filtre automatique applique les flags d acceptation ou rejet ( 1 ou 4 ) 
 aux valmeurs SST et SSS , en modifiant éventuellmenet les valeurs précédente.
 pour la SSTJ , ce st le seul contrOle pris en compte

Ne pas oublier la sauvegarde , par l activation du bouton ENREGISTRER
 qui va mettre a jour le fichier .dat , avec les modificatioons,
 et reservir en entrée a une nouvelle étape de validation 


 4 eme étape   CORRECTION
 

Cette opération est effectuée en  ajustant les valeurs de SSS du TSG, 
 par rapport a des mesures "bucket" réalisées pendant le trajet,
puis analysées a postérieuri.   Ces valeurs de SSS  sont réputés être "fiables" 
 et de qualité, cependant il peut exister des problemes, d ou une inspection visuelle 
 des echantillons "bouteilles" disponible pour un voyage.


a au préalable   dans l etape de VALIDATION 

L'activation du bouton "ECHANTILLONS" affiche sur le graphique existant SSS vs TIM,
 les valeurs de SSS "bucket" a l instant de la prise d'échantillon,
 ainsi qu un graphique des ecarts SSS  TSG-ech..
Cette visualisation permet d apprecier visuellement l 'évolution des écartsa TSG-bucket, 
 puis de détecter eventuellement des mesures bucket abérentes ( fort ecart ),
 qu il est nécerssaire d eliminer  du jeu de données de controle .

   !!!   --- élimination dans fichier et/ou intercative
        flaguages des mesures bouteilles   ??? 

 
  puis activation du bouton CORRECTION
  qui active l algorithme définie par Delphine MATHIAS  avec 4 etapes

       ETAPE 1: lissage des mesures TSG
                methode de la moyenne glissante avec 1h pour l intervalle de temps

       ETAPE 2:  co-location des prélevements et des mesures TSG
                calcul de la difference donnée Bouteille - donnee TSG en chaque
                 point de co-localisation
 

       ETAPE 3 :  Calcul des valeurs médianes de correction: Ã  chaque point de
                 comparaison, on attribue la médiane des corrections dans une fenètre de 
                  10 jours. Puis on interpole entre chaque mÃédiane pour avoir la correction
                  à    appliquer en chaque point de donnéé TSG

        ETAPE 4 : applicatiuon de la correction

   on recupere ainsi  les valeurs  de SSS d origines et celles  modifiées 


Un graphique  identique a celuyi de "VALIDATION" est de nouveau affiché
   avec  ces 2 valeurs de SSS

Une nouvelle étape de SAUVEGARDE  est necessaire pour prendre en compte
les modifications effctuées



 5 eme étape

  SAUVEGARDE SGBD   ( format XML) 
    formation des méta données ( enete XML)  et 'DATA' 
  avec prise en compte des "flags" de qualité ( SST, SSS) et les valeurs de SSS
 originales et corrigées 

 Il est necessaire de saisir manuellement les parametres suivants
     - code radio du navire
     - nom du navire
     - code de l instrument TSG du voyage 


  !!!!!  a faire " boite de dialogue" de saisie des parametres