run_nemo.md

@@ -20,33 +20,33 @@ _Working environment_:
 
    a)  WORKDIR (prepare jobs, inputs):
    
-    ```console
+    
     on $WRKDIR/NEMO_CFGS/models/NEMO/dev_XXXXX_config_legos/cfgs/$CONFIG_CASE/:
-    *   BLD/      ===> Built and preprocessed libraries"
-    *   EXP00/    ===> Rundir"
-    *   MY_SRC/   ===> Fortran user routines"
-    *   WORK/     ===> All Fortran routines effectively processed"
-    *   cpp file  ===> CPP Keys effectively activated"
-    ```
+    *     BLD/      ===> Built and preprocessed libraries"
+    *     EXP00/    ===> Rundir"
+    *     MY_SRC/   ===> Fortran user routines"
+    *     WORK/     ===> All Fortran routines effectively processed"
+    *     cpp file  ===> CPP Keys effectively activated"
+    
     
    Inputs are here:
    
-    ```console
-    $WRKDIR/NEMO_CFGS/input/CONFIG
-    ```
+    
+    *     $WRKDIR/NEMO_CFGS/input/CONFIG
+    
     Links are made from these files to the run directory (see below)
    
    b) SCRATCH (run directory)
    
-    ```console  
-    $SCRATCHDIR/TMP/${CONFIG_CASE}_X/*  (X car on peut faire des jobs en cascade.. un run par an par exemple..., le run suivant auquel cas sera initialisé avec le restart précédemment crée, A noter que cette le nombre de jobs à exécuter est spécifié dans includefiles.ksh MAXSUB)
-    ```
+      
+    *     $SCRATCHDIR/TMP/${CONFIG_CASE}_X/*  (X car on peut faire des jobs en cascade.. un run par an par exemple..., le run suivant auquel cas sera initialisé avec le restart précédemment crée, A noter que cette le nombre de jobs à exécuter est spécifié dans includefiles.ksh MAXSUB)
+    
     
    c) STORE (the results (diagnostics, outputs and restart))
    
-    ```console
-    $SDIR/$CONFIG_CASE-(S|R)/*
-    ```
+    
+    *     $SDIR/$CONFIG_CASE-(S|R)/*
+    
     
 > **Note** : It is recommended to the user to retrieve the repository on his WORKDIR or HOMEDIR, to be more precise, here, it works only for your machine of Genci => TGCC-CEA
 for instance, on Calmip, you can't launch jobs on your workdir ...