% Conversion d'une liste de fichier NetCDF TSG en fichier ASCCI
%
% La liste des fichiers netCDF doit �tre plac� dans un dichier ASCII.
% un nom de fichier par ligne
%
clear all;
clc;

% Repertoire des fichiers NetCdf en lecture
% -----------------------------------------
dirIn = 'D:\temp\';

% Repertoire des fichiers ASCII en �criture
% -----------------------------------------
dirOut = dirIn;

% Nom du fichier qui liste les fichiers netCdf
% --------------------------------------------
fichierListe = 'list_nc.txt';

% Liste des param�tres � �crire - Create empty structure array
% ------------------------------------------------------------
PARA = { 'CNDC'; 'CNDC_CAL'; ...
  'SSPS'; 'SSPS_QC'; 'SSPS_CAL';...
  'SSPS_ADJUSTED'; 'SSPS_ADJUSTED_QC'; 'SSPS_ADJUSTED_ERROR'; ...
  'SSJT'; 'SSJT_QC'; 'SSJT_CAL';...
  'SSJT_ADJUSTED'; 'SSJT_ADJUSTED_QC'; 'SSJT_ADJUSTED_ERROR'; ...
  'SSTP'; 'SSTP_QC'; 'SSTP_CAL';...
  'SSTP_ADJUSTED'; 'SSTP_ADJUSTED_QC'; 'SSTP_ADJUSTED_ERROR'};
nPara = size( PARA, 1 );

% Lecture du nom des fichiers � convertir. Ceux-ci se trouvent dans
% le fichier liste_nc.txt
% -----------------------------------------------------------------
list_nc = textread([dirIn fichierListe],'%s');

% Conversion du nom des fichiers en caracteres
% --------------------------------------------
list_nc = char(list_nc);

% Boucle sur les fichiers � convertir
% ----------------------------------
nfiles  = size(list_nc,1);
for i = 1 : nfiles

  % Create structure array
  % ----------------------
  tsg = struct;

  fileName = deblank(list_nc(i,:));
  display( ['Traitement du fichier : ' fileName]);

  % Ouverture d'un fichier NetCdf en lecture
  % ----------------------------------------
  nc = netcdf([dirIn fileName],'read');

  if ~isempty(nc)

    % Creation et ouverture du fichier en �criture .tsgqc
    % ---------------------------------------------------
    ind         = find(fileName == '.');
    fileNameOut = fileName(1 : ind-1);
    fid         = fopen([dirOut fileNameOut '.tsgqc'],'wt');
    display( ['          Ecriture du fichier : ' fileNameOut]);

    % --------------------------------
    % Get global attributes: meta data
    % --------------------------------
    global_att = att(nc);
    for iatt = 1:length(global_att)

      % extract name and value from netcdf globals attributes
      % -----------------------------------------------------
      attribute = name(global_att{iatt});
      value     = global_att{iatt}(:);

      % assign globals attributes in base workspace
      % -------------------------------------------
      assignin('base', attribute, value);

      % populate tsg structure with globals attributes
      % ----------------------------------------------
      tsg.(attribute) = value;

    end % end of attributes loop

    % ----------------------------
    % Get variables describing TSG
    % ----------------------------
    variables = var(nc);
    for ivar = 1:length(variables)

      % extract name and value from netcdf variables
      % --------------------------------------------
      variable = name(variables{ivar});
      nv       = nc{ivar};

      % use autonan mode, remplace fillValue with NaN
      % ---------------------------------------------
      nv = autonan(nv, true);

      % populate tsg structure with netcdf variables
      % --------------------------------------------
      tsg.(variable) = nv(:);

      % assign netcdf variables in base workspace
      % -----------------------------------------
      assignin('base', variable, nv(:));

    end % end of variables loop

    % Initialise le tableau des variables � �crire
    % --------------------------------------------
    nbRecords = length( tsg.DAYD );
    tsg_data = NaN * ones(nPara+8, nbRecords);

    % Selectionne les param�tres et cr�e le tableau en �criture
    % --------------------------------------------------------
    if nbRecords ~= 0

      % Met en forme les dates et positions
      % ------------------------------------
       year  = str2num(tsg.DATE(:,1:4));
       month = str2num(tsg.DATE(:,5:6));
       day   = str2num(tsg.DATE(:,7:8));
       hour  = str2num(tsg.DATE(:,10:11));
       min   = str2num(tsg.DATE(:,12:13));
       sec   = str2num(tsg.DATE(:,14:15));

      %[year, month, day, hour, min, sec] = datevec( julianToDatenum(tsg.DAYD) );
      tsg_data = [year month day hour min fix(sec) tsg.LATX mod(tsg.LONX+180,360)-180 ];
      header = 'YEAR MNTH DAYX hh mi ss LATX LONX';
      format = '%04d %02d %02d %02d %02d %02d %12.7f %12.7f';

      % Boucle sur les param�tres � sauvegarder
      % ---------------------------------------
      for iPara = 1 : nPara

        % S�lectionne le nom du param�tre
        % -------------------------------
        para = PARA{iPara};

        if isempty(tsg.(para))
          tsg.(para) = NaN * ones( size( tsg.DAYD ) );
        end

        if findstr( '_QC', para)
          
          % Test pour contourner un bug de TSGQC. Les QC devaient �tre cast�s
          % en byte sinon la valeur 0 devenait �gale � -127
          ind = 0;
          ind = find( tsg.(para) == -127 );
          if ~isempty(ind)
            tsg.(para)(ind) = 0;
          end
          tsg_data = [tsg_data double(tsg.(para))];
          format   = [format ' %1d'];
        else
          tsg_data = [tsg_data tsg.(para)];
          format   = [format ' %6.3f'];
        end
        header   = [header ' ' para];

      end % Fin de boucle sur les param�tres � sauvegarder

      % Write some information
      % ----------------------
      if ~isempty( tsg.DATE_CREATION )
        fprintf( fid, '%%DATE_CREATION %s\n', tsg.DATE_CREATION );
      end
      if ~isempty( tsg.CYCLE_MESURE )
        fprintf( fid, '%%CYCLE_MESURE %s\n', tsg.CYCLE_MESURE);
      end
      if ~isempty( tsg.PLATFORM_NAME )
        fprintf( fid, '%%PLATFORM_NAME %s\n', tsg.PLATFORM_NAME);
      end
      if ~isempty( tsg.SHIP_CALL_SIGN )
        fprintf( fid, '%%SHIP_CALL_SIGN %s\n', tsg.SHIP_CALL_SIGN);
      end
      if ~isempty( tsg.PI_NAME )
        fprintf( fid, '%%PI_NAME %s\n', tsg.PI_NAME);
      end
      if ~isempty( tsg.DATA_ACQUISITION )
        fprintf( fid, '%%DATA_ACQUISITION %s\n', tsg.DATA_ACQUISITION);
      end

      % Write the file
      % --------------
      fprintf( fid, '%%HEADER %s\n', header);
      fprintf( fid, [format '\n'], tsg_data');

      % Everything OK
      % -------------
      error = 1;
    end   % Selectionne les param�tres et cr�e le tableau en �criture

    fclose( fid );

    % Clear the Workspace
    % -------------------
    clear tsg tsg_data;

  else

    msg_error = 'ok';
    if isempty(nc)
      msg_error = ['Problem  opening file : ' fileName];
    end
    
  end
end   % Find Boucle sur les fichiers � convertir