Introduction à l’intégration de Git via RStudio
2024-11-25
Pré-requis : pour pouvoir utiliser correctement Git avec l’IDE RStudio, il convient de travailler avec un Projet R (.Rproj
)
Création d’un projet R versionné avec Git : Dans RStudio : File
→ New Project
, puis suivre les étapes suivantes :
Un projet R .Rproj
est ainsi créé et une nouvelle fenêtre s’ouvre dans une nouvelle session.
.git
permet de savoir que le projet R est versionné avec Git.More
→ Show Hidden File
.terminal
de la session.Diff
: comparer 2 versions d’un fichier ;Commit
: valider les modifications d’un ou plusieurs fichier(s) ;Pull
: récupérer sur le dépôt distant les modifications apportées au projet par d’autres contributeurs ;Push
: partager sur le dépôt distant les modifications que vous avez apportées au projet ;History
: consulter l’historique des modifications du projet ;More
: ajouter des fichiers à ignorer ou revenir en arrière ou utiliser le terminal ;New Branch
: créer une nouvelle branche dans le dépôt Git ;L’onglet de RStudio permet d’avoir des repères visuels sur les changements apportés à chacun de vos fichiers :
Deleted
: le fichier a été supprimé du working directoryModified
: le contenu du fichier a été modifiéUntracked
: le fichier a été ajouté au working directory et Git ne l’a jamais vu auparavantéquivalents en ligne de commande : git status
équivalents en ligne de commande :
git add <file-name>
git add .
équivalent en ligne de commande :
git commit
équivalent en ligne de commande : git push
Actualisation des fichiers sur la Forge IRD
Il existe des exemples / modèles pour le gitignore à adapter en fonction de son besoin https://github.com/github/gitignore/blob/main/R.gitignore
L’interface de RStudio permet de rapidement et facilement visualiser les changements apportés sur le code.
équivalent en ligne de commande : git diff
ou git diff --staged
pour les fichiers déjà ajoutés
équivalent en ligne de commande :
git log
équivalent en ligne de commande : git restore <file-name>
ou git restore --staged <file-name>
pour des fichiers déjà ajoutés
git checkout
).Récapitulatif et recommendations
Recommandations générales sur l’usage de Git
Git
pour suivre les modifications des codes d’un projet RStudio ;RStudio
pour les usages courants de Git
(ligne de commande si besoin ou très à l’aise)Recommandations sur l’initialisation de Git
Git
.Github
, Forge IRD
, …), puis cloner ce dépôt pour travailler sur votre poste local..gitignore
afin d’exclure certains fichiers du suivi des modifications (notamment les fichiers de données).Recommandations sur l’usage des branches
RStudio
pour créer une branche ou naviguer entre les branches ;Github
ou Forge IRD
pour fusionner deux branches.Source et informations supplémentaires : https://book.utilitr.org
Cliquez sur View public key
et copiez la clé
Créer un projet vide sur la Forge
Dans RStudio, créer un projet vide connecté à la Forge par clé SSH