1.4.0

Preparing release 1.4.0

Snakecdysis

• attention avec le _ dans le dossier des data !! pbm de snakecdysis???
• control sur samples.txt ou pheno.txt selon active/unactived lfmm ou pcadapt
• control dossier FASTQ sans sous-dossier
• bug quand on relance kiss (snakecdysis?)

BUGS

• pourquoi il n'y a pas tous les pvalues pour lfmm
• separer l'nalyse phenotype lfmm dans un dossier a part

README

• dans le readme expliquer les outputs

REPORT

• ajouter les versions des outils dans le report ou dans un fichier
• faire un resume du temps (benchmark culebront) et de la mem ? comment recuperer les slurm job id {slurm_job_id}?
• corriger le tableau de kmers outliers (columns) : transposer le fichier
• si pca est true en lfmm, ajouter la pca des variables phenotypiques dans le report
• ajouter quelques examples des plots de pcadapt et lfmm
• reads vs kmers => verifier avec seqkit
• manhattan plot ? => mis un notebook avec un example dans gitlab
• si assembly, combien des kmers assemblé et histogramme distribution tailles?
  • ajouter le fichier de config : essayer de passer par une dataframe ( pd.DataFrame.from_dict(experiment_details)
  • affichage de tableaux un peu plus large et aussi separer les decimals Styler.format(thousands=True) df.style.format(thousands=True)
  • dans le report il faut changer la licence !
  • ajouter le jupyter avec le manhattan plot qui peut etre generé par ikiss si le mapping est lancé. : non, car trop dependante de la ref qu'on utilise
  • creer un fichier avec tous les kmers mappés et la pvalue du test!