Project file structure

Here is an outlay of the current file strucutre:

├── __init__.py
├── main_prepare_inputs.py
├── parameters
│   ├── __init__.py
│   ├── csv_files
│   │   ├── params_samir_test.csv
│   │   ├── params_samir_Aurade_test.csv
│   │   └── params_samir_test_dev.csv
│   ├── parameter_estimation.ipynb
│   └── params_samir_class.py
├── DEV_inputs_test
│   ├── dl_S2.csv
│   ├── soil_100.nc
│   ├── ndvi_100.nc
│   ├── soil_1000.nc
│   ├── raw_ndvi.csv
│   ├── ndvi.nc
│   ├── filtered_ndvi.csv
│   ├── ndvi_10.nc
│   ├── xls_NDVI_10.nc
│   ├── xls_NDVI_100.nc
│   ├── soil_10.nc
│   ├── extracted_S2.csv
│   ├── ndvi_1000.nc
│   ├── land_cover_100.nc
│   ├── xls_weather_10.nc
│   ├── pix_outputs_10.nc
│   ├── land_cover_10.nc
│   ├── xls_outputs_100.nc
│   ├── interp_ndvi.csv
│   ├── test_S2_one_tile.csv
│   ├── xls_outputs_10.nc
│   ├── xls_weather_1000.nc
│   ├── xls_weather_100.nc
│   ├── land_cover_1000.nc
│   ├── xls_NDVI_1000.nc
│   └── ndvi_S2.csv
├── test_samir_dask.py
├── main_run_samir.py
├── tests.py
├── modspa_pixel_env.yml
├── source
│   ├── code_toolbox.py
│   └── modspa_samir.py
├── main_run_samir.py.lprof
├── SAMIR_xls
│   ├── SAMIRxls_Reference_ReadAndPlot.py
│   ├── SAMIRv5_juin2015.xlsx
│   ├── SAMIRxls_Reference.FR-Lam2019.xls
│   └── SAMIRpixel_Reference_Simonneaux2012.xls
├── config
│   ├── config_modspa_parcel.json
│   ├── config.py
│   ├── select_config_modspa.py
│   ├── config_modspa_pixel.json
│   └── config_modspa.json
├── dev_samir_xarray.ipynb
├── preprocessing
│   ├── download_S2.py
│   ├── extract_ndvi.py
│   ├── parcel_to_pixel.py
│   ├── lib_era5_land_pixel.py
│   ├── calculate_ndvi.py
│   ├── custom_inputs.ipynb
│   ├── input_toolbox.py
│   └── download_ERA5_weather.py
├── test_samir.py
├── README.md
├── test_samir.py.lprof
├── postprocessing
│   ├── plot_GIFs.py
│   ├── output_toolbox.py
│   └── explore_pixel_outputs.ipynb
└── docs
    ├── source
    │   ├── conf.py
    │   ├── file_structure.rst
    │   ├── .templates
    │   ├── filetree.rst
    │   ├── samir
    │   │   ├── data_and_ram_management.rst
    │   │   ├── samir_functions.rst
    │   │   └── run_samir.rst
    │   ├── preprocessing
    │   │   ├── samir_params.rst
    │   │   ├── weather_cube.rst
    │   │   ├── land_cover.rst
    │   │   ├── ndvi_cube.rst
    │   │   ├── input_preparation.rst
    │   │   └── soil_data.rst
    │   ├── index.rst
    │   ├── .static
    │   │   └── custom.css
    │   └── setup
    │       ├── json_config_file.rst
    │       ├── conda_env.rst
    │       └── setup.rst
    ├── build
    └── Makefile

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