Project file structure

Here is an outlay of the current file strucutre:

├── dl_S2.csv
├── __init__.py
├── parameters
│   ├── __init__.py
│   ├── csv_files
│   │   └── params_samir_test.csv
│   └── params_samir_class.py
├── output
├── DEV_inputs_test
│   ├── soil_100.nc
│   ├── ndvi_100.nc
│   ├── soil_1000.nc
│   ├── ndvi_10.nc
│   ├── xls_NDVI_10.nc
│   ├── xls_NDVI_100.nc
│   ├── soil_10.nc
│   ├── ndvi_1000.nc
│   ├── land_cover_100.nc
│   ├── xls_weather_10.nc
│   ├── pix_outputs_10.nc
│   ├── land_cover_10.nc
│   ├── xls_outputs_100.nc
│   ├── xls_outputs_10.nc
│   ├── xls_weather_1000.nc
│   ├── xls_weather_100.nc
│   ├── land_cover_1000.nc
│   └── xls_NDVI_1000.nc
├── test_samir_dask.py
├── tests.py
├── modspa_pixel_env.yml
├── SAMIR_xls
│   ├── SAMIRv5_juin2015.xlsx
│   └── SAMIRpixel_Reference_Simonneaux2012.xls
├── input
│   ├── download_S2.py
│   ├── lib_era5_land_pixel.py
│   ├── calculate_ndvi.py
│   ├── input_toolbox.py
│   └── download_ERA5_weather.py
├── test_S2_one_tile.csv
├── config
│   ├── config.py
│   └── config_modspa.json
├── dev_samir_xarray.ipynb
├── test_samir.py
├── README.md
├── docs
│   ├── source
│   │   ├── inputs
│   │   │   ├── samir_params.rst
│   │   │   ├── weather_cube.rst
│   │   │   ├── land_cover.rst
│   │   │   ├── ndvi_cube.rst
│   │   │   ├── input_preparation.rst
│   │   │   └── soil_data.rst
│   │   ├── conf.py
│   │   ├── file_structure.rst
│   │   ├── .templates
│   │   ├── filetree.rst
│   │   ├── samir
│   │   │   ├── data_and_ram_management.rst
│   │   │   ├── samir_functions.rst
│   │   │   └── run_samir.rst
│   │   ├── index.rst
│   │   ├── .static
│   │   └── setup
│   │       ├── json_config_file.rst
│   │       ├── conda_env.rst
│   │       └── setup.rst
│   ├── build
│   └── Makefile
└── code
    ├── code_toolbox.py
    └── modspa_samir.py

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