Project file structure
Here is an outlay of the current file strucutre:
├── dl_S2.csv
├── __init__.py
├── parameters
│ ├── __init__.py
│ ├── csv_files
│ │ └── params_samir_test.csv
│ └── params_samir_class.py
├── output
├── DEV_inputs_test
│ ├── soil_100.nc
│ ├── ndvi_100.nc
│ ├── soil_1000.nc
│ ├── ndvi_10.nc
│ ├── xls_NDVI_10.nc
│ ├── xls_NDVI_100.nc
│ ├── soil_10.nc
│ ├── ndvi_1000.nc
│ ├── land_cover_100.nc
│ ├── xls_weather_10.nc
│ ├── pix_outputs_10.nc
│ ├── land_cover_10.nc
│ ├── xls_outputs_100.nc
│ ├── xls_outputs_10.nc
│ ├── xls_weather_1000.nc
│ ├── xls_weather_100.nc
│ ├── land_cover_1000.nc
│ └── xls_NDVI_1000.nc
├── test_samir_dask.py
├── tests.py
├── modspa_pixel_env.yml
├── SAMIR_xls
│ ├── SAMIRv5_juin2015.xlsx
│ └── SAMIRpixel_Reference_Simonneaux2012.xls
├── input
│ ├── download_S2.py
│ ├── lib_era5_land_pixel.py
│ ├── calculate_ndvi.py
│ ├── input_toolbox.py
│ └── download_ERA5_weather.py
├── test_S2_one_tile.csv
├── config
│ ├── config.py
│ └── config_modspa.json
├── dev_samir_xarray.ipynb
├── test_samir.py
├── README.md
├── docs
│ ├── source
│ │ ├── inputs
│ │ │ ├── samir_params.rst
│ │ │ ├── weather_cube.rst
│ │ │ ├── land_cover.rst
│ │ │ ├── ndvi_cube.rst
│ │ │ ├── input_preparation.rst
│ │ │ └── soil_data.rst
│ │ ├── conf.py
│ │ ├── file_structure.rst
│ │ ├── .templates
│ │ ├── filetree.rst
│ │ ├── samir
│ │ │ ├── data_and_ram_management.rst
│ │ │ ├── samir_functions.rst
│ │ │ └── run_samir.rst
│ │ ├── index.rst
│ │ ├── .static
│ │ └── setup
│ │ ├── json_config_file.rst
│ │ ├── conda_env.rst
│ │ └── setup.rst
│ ├── build
│ └── Makefile
└── code
├── code_toolbox.py
└── modspa_samir.py
…